怎样提取前体miRNA的序列？

我做的主要是植物的microRNA，目前已经找到一批具有发夹结构的序列，并且两边各延伸了一些碱基，以保证前体序列落在我的这个延伸序列中，但是我应该如何将其中的前体miRNA序列提取出来那？我看了一些相关的文献，跟我的步骤基本上相似，但没有具体说明它们提取的具体步骤？

还有一个问题是我如果将前体的序列提取出来后，怎么就可以预测出他的pri－miRNA的序列？刚刚进入这个领域，希望能够得到大家的帮助，在此不胜感激。