具体是这样的，我用差显法分离到几条约300bp左右的iDNA片断，于是从PAGE上切下了回收，等我在PCR时发现有很多的杂带，我已经把胶条切的很细很细了！而且就算我切的胶条上有不同的DNA那6%的PAGE胶都分不开的怎么再扩增在琼脂糖上就分开了呢？我PCR的条件两次都是一样的，而且退火温度都是42度（其实引物的TM值就是42度，touch down不知道行么），没办法我只好根据条带的大小在琼脂糖上把相应的胶带切了下来，然后加了10微升的TE，放到了冰箱冻了15min，然后拿出来融化，6000r/min离心取上清1微升重新PCR，结果还有杂带阿，还有就是大部分的都没有p出来阿，11条之批出来4个，真是闷死了！如果一直这样的话，那可怎么办啊？男不成得买个凝胶回收的试剂盒，然后把回收的产物再去连接转化测序了〉/?那是不是所有的转化都得这样啊？谢谢俄i！在线急等！

[ 本帖最后由 kaige88 于 07-9-8 16:05 编辑 ]

晕，刚发完贴子发现了caterpillar班长的贴子里有这句话--------------------------引物：引物质量、引物的浓度、两条引物的浓度是否对称，是PCR失败或扩增条带不 理想、容易弥散的常见原因。我的引物就是浓度不一样啊一个2.4ul，一个1.0ui，不过我看到好些差显的文献里就是这么写的，他们的在重p回收条带时也是号称采用了相同的PCR条件，而而且我看拍的照片也很好啊！ ！郁闷阿，把浓度改对称的了行不?先试一下，刚开始做真是上火阿

做得怎样了？

谢谢版主关注！我正在努力虽然结果结果还是这样，但是已经有一两个是单一的条带了！但是别的还是如此，就是在目的产物前面有模糊的东西，但的确不规则阿，带型不对哈！但是的的确确有的阿！气死我了 明天回家看妈妈！好久没回家了！过几天回来继续，哦我就不行高不定！改天发张照片各位高手看看！

建议换好一点的Taq酶试试

我也出现类似的问题了，P了一次，有很多杂带，把目的片段切下来又P了一次，一样的体系条件还是P出好多杂带啊，目的片段很淡，其他杂带还比较亮，还有引物二聚体，怎么办？楼主问题解决了没有啊？我们探讨一下啊

我在做SSR分析时都碰到杂带很多的情况.而且杂带比我的目的条带还要亮.都不知道是什么原因.真是郁闷死了

看来有这问题的不只我一个啊！其实又杂带不怕，关键是我的那些杂带根本就不知道是什么，没有正常的带型阿！更郁闷的是，我把一周前有杂带的PCR产物又跑了一下，靠，竟然有没有了！难道降解了！这倒好了！楼上的两位酷友，我今天再重新p下，然后在电用，看看有没有哈！杂带有可能回收的问题！但是我想，应该也有单引物扩增的问题吧，SSR引物是不是也不长10bp左右的那种，我的也是，我想这么短的引物（况且退火温度也低啊我的42），更加容易出现在一条DNA上有3个或者更多的个引物结合位点，因此冲扩增时就出现了杂带，比正常产物短的是正常产物一部分的DNA，琢磨的，没有经过试验验证。高手指点！

可以进一步探讨!

建议把电泳图贴上来,大家一起分析~~