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[分子生物学] 引物设计

本主题由 nano 于 08-8-12 19:44 关闭 

引物设计问题分析

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- Z6 u$ q, P/ z- u7 F' C8 {! n# `( M
[ 本帖最后由 nano 于 08-9-13 21:03 编辑 ]
生命的精彩在于大家共同的努力~~

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通用引物、常用引物及序列对照

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! ]/ i) w* e7 ?1 q3 Y" J* p# O. }. G8 U' P
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good

verygood

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真是雪中找到碳啊 9 \' ^2 b: B4 S  H* i& C( e. J

# e9 _) v& A) ?! }$ E  ^# ?  _以后常来看看' r# C4 S$ Z! l5 _* I
希望多多的更新啊’

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常用的β-actin 引物序列

human actin f ctc cat cct ggc ctc gct gt / N% L$ G# V0 X/ h% V8 P# J
human actin r gct gtc acc ttc acc gtt cc
5 Q) E, x- w4 B& c7 \* J0 qproduct size:268
# H7 b' J7 Y% a" hrabbit actin r agt gcg acg tgg aca tcc g + |0 T) D  n7 _# b: v6 I
rabbit actin f tgg ctc taa cag tcc gcc tag   F, g- w4 B! j' e# l7 n5 r4 D
product size:295 ' L1 Y) N6 \3 S/ e
mouse actin r cgt tga cat ccg taa aga cc ; t- N4 y+ E8 d. a" k
mouse actin f aac agt ccg cct aga agc ac
2 n. _3 u* Q/ bproduct size:281 " i7 M( h# g$ W8 t: k  _# j+ g% P
rat actin f TCAGGTCATCACTATCGGCAAT
5 r4 b+ l% ?& U- s+ A4 B2 V; Q4 Crat actin r AAAGAAAGGGTGTAAAACGCA
/ _% @2 I8 c& |' L6 }product size:432 - q% O6 u9 u/ Y: E% F+ k/ K3 t2 ~
human actin r gag cta cga gct gcc tga cg % ~6 R) G4 U- `
human actin f cct aga agc att tgc ggt gg ) k! X& L1 E  F, D) {! u
product size:416 / Y8 a+ Q" A1 S, U; @6 o/ g
mouse actin f tca tca cta ttg gca acg agc ! l' M* v+ Q) f  W$ Q6 J# F
mouse actin r aac agt ccg cct aga agc ac 4 l) p2 k* k5 q1 ]( T8 g' Z
product size:399 " B: r/ s( J* |; V. N! u
rat actin f CCCATCTATGAGGGTTACGC
: _' X) Z) j/ ]" W+ H; e1 nrat actin r TTTAATGTCACGCACGATTTC
% Z  \' @! p$ o$ Cproduct size:150 - w  e8 r/ a# g
rabbit actin f tct tcc agc cct cct tcc tg 6 J6 _- A  a( z" S$ P8 e. P$ t
rabbit actin r cgt ttc tgc gcc gtt agg t 2 r; P8 U' F' `8 _+ v- c
product size:409
) W, ?! v& _4 r0 ^2 ?7 S; r% f% {2 V  e' I
内参基因名称 引物 引物最佳退火 扩增
: S% Z0 K& [; @! q: r基因库序列号 引物名称 序列 位置 Tm 温度C 长度 : L) g$ K+ o; ^, o3 w* f
Human actin beta F305 ctgggacgacatggagaaaa 305-324 52.3 - B, `4 R: w' i: s
BC002409 R868 aaggaaggctggaagagtgc 868-849 52.6 59.4 564
+ C0 P; X& w# P2 qF1379 agcgagcatcccccaaagtt 1379-1398 57.3 9 B& C' `) S$ r- u7 ]$ i
R1663 gggcacgaaggctcatcatt 1663-1644 56.3 54 285
* y( l9 i5 l0 a5 U) q$ z* y( p6 jRat actin beta F18 cacccgcgagtacaaccttc 18-37 54.5
9 O) j; b$ t; D6 zNM_031144 R224 cccatacccaccatcacacc 224-205 54.4 60.4 207
1 G) W: K6 t; \' i, y/ MF694 gagagggaaatcgtgcgtgac 694-714 54
+ H/ G5 s* l! O# I, ~. xR1146 catctgctggaaggtggaca 1146-1127 53.2 57.1 452 ' h  {' {6 {# o8 D0 P
Mouse actin beta F91 atatcgctgcgctggtcgtc 91-110 57.5 ( i6 C/ l2 s$ D& U5 p
NM_007393 R607 aggatggcgtgagggagagc 607-588 57.8 60.4 517
* a2 {2 G' h+ q4 F/ qF1566 gtccctcaccctcccaaaag 1566-1585 54.5
5 l, a) r( W/ e+ |% K# p/ J# YF1831 gctgcctcaacacctcaaccc 1831-1811 54.4 55.7 266
% \/ c( P5 T; T* X( z, ]$ Ohuman GAPDH F369 agaaggctggggctcatttg 369-388 55.6 / f* K8 b5 T* h- N1 F
BC004109 R626 aggggccatccacagtcttc 626-607 55.1 57.5 258 " p, W9 o9 K7 }7 i4 _$ m  x
F66 aggtcggagtcaacggatttg 66-86 52.5
  S7 P* c& P0 o( A4 }7 QR597 gtgatggcatggactgtggt 597-578 52.6 57 532
5 C) g" T0 }  q2 {+ M; ?0 Z9 q. xRat GAPDH F50 cagtgccagcctcgtctcat 50-69 55 / w: H0 Q, N' e
BC059110 R644 aggggccatccacagtcttc 644-625 55.1 58.3 595
9 Y% @1 C* Z( g* hF1029 acagcaacagggtggtggac 1029-1048 54.4
6 b0 r8 t. O1 e9 RR1280 tttgagggtgcagcgaactt 1280-1261 54.8 57.7 252
" x1 F, u* Y% X( t3 A9 HMouse GAPDH F306 aggccggtgctgagtatgtc 306-325 54
( K* G& w4 }9 e# TM32599 R835 tgcctgcttcaccaccttct 835-816 54.6 58.7 530
) I4 O: b0 M, R1 Y% RF49 ggtgaaggtcggtgtgaacg 49-68 55.1 & X. I. c# j) U
R281 ctcgctcctggaagatggtg 281-262 54.5 56.8 233 + W, z2 l. \) ?
Rat 18S rRNA F1865 tgcggaaggatcattaacgga 1865-1886 58.6 5 S. O  F. n2 P' i
M11188 R2164 agtaggagaggagcgagcgacc 2164-2143 59 59.3 300
+ `" L2 o+ g/ u3 ?% T/ |& shuman 18S rRNA F1565 cagccacccgagattgagca 1565-1584 58.3 4 |8 @4 L0 _  U) M! t+ E
M10098 R1816 tagtagcgacgggcggtgtg 1816-1797 58.3 59 253
" ?0 p% a+ s8 Q4 lmouse 18S rRNA F56 aggggagagcgggtaagaga 56-75 54.4 ( Q$ Z' I) @! f; R! q
K013364 R296 ggacaggactaggcggaaca 296-277 54 62 241
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感谢“心留余白”酷友的肯定 及“zhao04512003”酷友的精彩补充 !因为本人才疏学浅,本专题算是抛砖引玉^_^ 希望各路高手,多多指点~多多支持~~对专题中不正确的地方及时指正,欠缺的地方给与补充:D 方便更多需要这方面资料的研究人员
生命的精彩在于大家共同的努力~~

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好帖,顶

很好很好呀!收益非浅啊!谢了啊!

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非常棒啊!收获多多啊!无限支持!

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细看了一遍,正在消化!

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