质粒小量提取之煮沸法
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试验原理:
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煮沸法是根据Holmex和Quigley(1985)的方法改进而成的。在基因工程中, DNA 分子的切割是由限制性内切酶来完成的。限制性内切酶能识别特定的 DNA 序列,在一定的条件下切断双链 DNA 。限制性内切酶的作用效率是受多方面因素影响的,如反应温度,缓冲体系,离子种类与浓度, DNA 的纯度和甲基化程度等。对 DNA 进行酶切时,首先要选择适合的缓冲液。对于单酶切,应选用该酶的最适缓冲液;对于双酶切或三酶切,应选用一种能使所有酶都充分作用的缓冲液。 DNA 的纯度对于酶切的效果的影响也很大,因为蛋白质。酚。氯仿。 SDS 等杂质都会抑制限制性内切酶的活性。
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琼脂糖凝胶电泳是分离,鉴定和纯化 DNA 片段的常规方法。利用低浓度的荧光嵌入染料 - 溴化乙锭进行染色,可确定 DNA 在凝胶中的位置。如有必要,还可以从凝胶中
回收 DNA 条带,用于各种克隆操作。琼脂糖凝胶的分辨能力要比聚丙烯酰胺凝胶低,但其分离范围较广。用各种浓度的琼脂糖凝胶可以分离长度为 200bp 至近 50kbp 的 DNA 。长度 100kb 或更大的 DNA ,可以通过电场方向呈周期性变化的脉冲电场凝胶电泳进行分离。
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在基因工程的常规操作中,琼脂糖凝胶电泳应用最为广泛。它通常采用水平电泳装置,在强度和方向恒定的电场下进行电泳。 DNA 分子在凝胶缓冲液(一般为碱性)中带负电荷,在电场中由负极向正极迁移。 DNA 分子迁移的速率受分子大小,构象。电场强度和方向,碱基组成,温度和嵌入染料等因素的影响。
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实验准备:
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1、 70% 乙醇( -20 ℃)及无水乙醇( -20 ℃)
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2、 STET 缓冲液( pH8.0 )( 8% 蔗糖, 0.5%Triton, 50mmol/L EDTA,,10mmol/L Tris )
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3、 1.2M 氯化钠
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4、 TE 缓冲液( 10mmol/L Tris-HCl, 1mmol/L EDTA )
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试验步骤:????ɺίȋ?Ľ??ƽ̨#g3I4c,R7X8]8y4F3s:X
1、
无菌操作台上取1.5ml培养菌体置于离心管(Eppendorf管)中,微量离心机上10000rpm离心1min,或者以????ɺίȋ?Ľ??ƽ̨)a)}6]!]8j2?*A0L7Q6r)T ^
4000rpm离心5-10min,弃上清液,倒扣于干净的吸水纸上吸干。7K2w%m%?7|7K*a
2、
将菌体沉淀悬浮于350μl STET缓冲溶液中, 涡旋使其混匀。
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3、
加入25μl新配制的溶菌酶溶液(10mg/ml,用10mmol/L Tris.Cl(pH8.0)配制), 涡旋振荡大概3秒钟。8s"C4|%E-F:V/t4D&Y#E,j'r;V
4、
将eppendorf管放入沸水浴中,40秒后立即取出。
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5、
微量离心机上以4℃,12000rmp离心10min。????ɺίȋ?Ľ??ƽ̨#x.u'e#g8`8v+@
6、
用无菌牙签从eppendorf管中挑去细菌碎片。
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7、
在上清中加入40μl 5mol/L乙酸钠(pH5.2)和420μl异丙醇,振荡混匀,于室温放置5min。
Z,W1x!V0w:e7H#W:Wâ?ѻ?ϭwww.genecool.com8、
微量离心机上以4℃,12 000rmp离心5min,回收核酸沉淀。小心吸去上清液,将离心管倒置于一张纸巾上,www.genecool.com)T9o'm6Q$}-["e ^,u
以使所有液体流出。再将附于管壁的液滴除尽。(可参考裂解法中的做法)。
!V"B$z7\ c.~9Y1v5a-|/A4Q8Gâ?ѻ?ϭwww.genecool.com9、
加入1ml70%乙醇,以4℃,12 000rmp离心2min。轻轻地吸去上清,这一步操作要格外小心,有时沉淀块
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贴壁不紧,去除管壁上形成的所有乙醇液滴,室温下放置,直至乙醇挥发完全,管内无可见的液体为止
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(大概需要2-5min)。????ɺίȋ?Ľ??ƽ̨#F5V"[(O!^*n7n
10、
用50μl无DNA酶的胰RNA酶(20μg/ml)的TE(pH8.0)溶解核酸,稍加振荡即可,贮存于-20℃。www.genecool.com9t,{.o7s"B8[
注意事项:????ɺίȋ?Ľ??ƽ̨6]9z6^+u$E7[&f
1、
大肠杆菌可从固体培养基上挑取单个菌落直接进行煮沸法提取质粒DNA。????ɺίȋ?Ľ??ƽ̨0Q$`*B7T%|9t!W8I:z1Z"{
2、
添加溶菌酶一定要有限度,浓度过高细菌裂解效果反而不好,有时不同溶菌酶也能溶菌。基因酷
基因库www.genecool.com9c7J.U7K+I P.s9U
3、
提取的质粒DNA中会含有RNA,但RNA并不干扰进一步实验,如限制性内切酶消化,亚克隆及连接反应等。â?ѻ?ϭwww.genecool.com#H$Z,U-C-@!J
4、
试验步骤中的细菌沉淀和核酸沉淀中去除上清液时,一定要除尽。
/J6|,A8{/_+a8O5l??www.genecool.com5、
用 70% 的乙醇溶液洗涤核酸沉淀时一定要十分谨慎,防止将核酸同洗液一起倒掉。??www.genecool.com;H"F(W6t+S;B"N2m9m/X9W
6、
实验过程中所用的器皿和吸头都要进行高压灭菌。
5K.s(P8Z7r7、
当从表达内切核酸酶A的大肠杆菌株(endA+株,如HB101 )中小量制粒DNA时,建议不用煮沸法。因为煮??www.genecool.com(}9`*e$x;B6j9S#|
沸步骤不能完全灭活内切核酸酶A,在Mg2+存在下温育(V中用限制酶时)质粒DNA可被降解。
若要避免????ɺίȋ?Ľ??ƽ̨3g"E)N#r9P f
这一问题可以在用70%乙醇洗涤一步前增加一步用酚/氯仿进行抽提。??www.genecool.com5h6?0H-A/J8u
8、
如果要通过限酶切割反应来分析DNA,可取1μlDNA溶液加到另一个含8μl水的微量离心管内,加1μl 10x限制????ɺίȋ?Ľ??ƽ̨"F4{#R,t/^"w(\;y6[
酶缓冲液和1单位所需限制酶,在适宜温度温育1-2h。将剩余的DNA贮存于-20℃。通过凝胶电泳分析经基因酷
基因库www.genecool.com.A4Z8L,V3Y(D+T1M/n
限制酸消化的DNA片段。如果小量制备的DNA不被限制酶切开,很有可能在收获细菌的步骤中未能很好地去除www.genecool.com/z.w-y:Y+r.C0{
所有上清液体。这种情况下,可用酚:氯仿抽提DNA终产物,然后用乙醇重新沉淀DNA,通常,用5-10倍过
(i3A-N9f5O2m5X??www.genecool.com 量的酶(特别是并不昂贵的酶)在100-200μl 体积中进行消化,可以克服限制酶切割反应遇到切割反应遇到的
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困难。消化后,
加0. 1 体积3mol/L乙酸钠(pH5.2)和2倍体积乙醇沉淀DNA。