各位好，初次接触生物信息学，很多地方搞不清楚，还望高人指点一二
我要根据一病毒的外壳蛋白的保守序列设计引物扩增，用clustalw比对之后，发现保守序列最后只有几十bp左右是连续的，而我欲扩增至少是200bp,请问该如何选取保守列？ 保守序列是指的完全一样呢？还是大多数？附件里是我的比对结果！ 
感激不尽！！！！

不需要200bp左右均是保守的，只需要引物所在区域是保守的即可。 你可以人工选择保守的一段序列作为引物，然后用软件验证引物。再根据这条引物设计对应的下游或上游引物。

   楼主，JACK兄已经给了你最好的回答了。由于你扩增的条带为200bp，因此你只需要保证你的引物序列保守则可，这样就能很好的扩增出你的目的条带。所以你再设计引物的时候则可以就在你找到的保守区域里寻找合适位置就可以了，good luck

哦！多谢斑竹！！

但是PCR只能扩增引物之间的部分，只用一小段同源序列作引物扩增，那两端的片段不是丢失了吗？

[quote user="chinawolf"]但是PCR只能扩增引物之间的部分，只用一小段同源序列作引物扩增，那两端的片段不是丢失了吗？[/quote]

 

1，楼主只需要设计保守引物用来PCR扩增，所以两端的片段有没有不重要。

 

2，如果缺失需要两端的序列，那么可以将引物向外扩展，寻找两端的保守序列作为引物。总之，只要肯找，总会找到合适的引物扩增全部序列。至于基因组两端的序列测定属于RACE的内容，在此不再赘述。