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【分享】PCR设计引物时酶切位点的保护碱基表


武林三国

【分享】PCR设计引物时酶切位点的保护碱基表

我遇到这方面的麻烦了,希望这对酷友有帮助!
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  • kaige88 威望 +1 资源分享 07-12-12 22:05

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Re: 【分享】PCR设计引物时酶切位点的保护碱基表

Hind III 
                    
C AAGCTT G 
CC AAGCTT GG 
CCC AAGCTT GGG

加两个保护碱基20h酶切,切割率居然为0~~~~~~~


完蛋了,我的上游引物HindIII酶切位点上游只加了两个保护碱基,有救吗?????
用TAQ酶的扩增会在3’端加A,这样能不能提高后续的酶切???不知道多了个A的黏末端有没有效!


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武林三国

Re: 【分享】PCR设计引物时酶切位点的保护碱基表

保护碱基的确很有讲究,有的时候不对,怎么切都切不动,谢谢angelblue9 分享。

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Re: 【分享】PCR设计引物时酶切位点的保护碱基表

是不是保护碱基数够了就行?至于加什么样的碱基应该没事吧!发觉越来越敏感了!

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武林三国

Re: 【分享】PCR设计引物时酶切位点的保护碱基表

是不是哦,我以前感觉如同楼上的所言,但是最近有个产物老是切不下来,让我郁闷的很

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Re: 【分享】PCR设计引物时酶切位点的保护碱基表

这是我帮别人做的,引物设计好了。 他以前做的步骤是,将目的基因连接到T载体上,在T载体上切割,然后才连到另一个表达载体上。 而我想省了T载体这一步,想一步到位,结果小问题给忽视了!

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武林三国

Re: 【分享】PCR设计引物时酶切位点的保护碱基表

To:angelblue9 上游引物HindIII酶切位点上游只加了两个保护碱基,有救吗? 回答:有救,不过你只能先连接到T载体上,测序后,再从T载体上切就可以了。 用TAQ酶的扩增会在3’端加A,这样能不能提高后续的酶切???不知道多了个A的黏末端有没有效! 回答:对提高酶切效果不是很大。
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  • kaige88 威望 +1 精彩解答 07-12-13 10:59

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Re: 【分享】PCR设计引物时酶切位点的保护碱基表

谢谢您了!

我的引物是别人帮忙合成的,他的流程是把它连接到T载体,而我不做这一步,因为我们实验没有T载体,呵呵,最主要比较麻烦,想一步到部。

可是引物问题给忽视了,因为刚入行,有很多细节压根不知道,总是为之付出代价后才惊醒!

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武林三国
怎么Sal I 加保护碱基后,酶切效率还那么低,不是可以不加保护碱基吗?http://www.zsr.cc/ExpertHome/StudyDatum/200701/75876.html

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谢谢您的分享!这对分子生物学方面真是太有用了!

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