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【转载】常用的生物信息学网址大全



【转载】常用的生物信息学网址大全

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常用生物信息学数据库和分析工具网址 
网上生物信息学教程
EMBL biocomputing tutorialshttp://www.bio.cam.ac.uk/Embnetut/Gcg/index.html
 
Plant genome dababase tutorial
 
http://www.nal.usda.gov/pgdic
 
 
生物信息学机构

 
NCBI
 
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/
 
International Nucleotide Sequence Database Collaboration.
 
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/collab/
 
EBI
 
http://www.ebi.ac.uk/
 
USDA
 
http://www.nal.usda.gov/
 
Sanger Centre
 
http://genomic.sanger.ac.uk/
 
北京大学生物信息学中心
 
http://www.cbi.pku.edu.cn
 
  
  
 
核苷酸数据库
 
GenBank
 
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/
 
dbEST
 
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/dbEST/index.html
 
dbSTShttp://www.ncbi.nlm.nih.gov/dbSTS/index.html
 
dbGSShttp://www.ncbi.nlm.nih.gov/dbGSS/index.html
 
Genome (NCBI)
 
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=Genome
 
dbSNPhttp://www.ncbi.nlm.nih.gov/SNP/
 
HTGS
 
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/HTGS/
 
UniGene
 
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/UniGene/
 
EMBL核苷酸数据库 http://www.ebi.ac.uk/embl
 
Genome (EBI)
 
http://www.ebi.ac.uk/genomes/
 
向EMBL数据库提交序列
 
http://www.ebi.ac.uk/embl/Submission/webin.html
 
DDBJhttp://www.ddbj.nig.ac.jp/
 
Plant R gene database 
 
http://www.ncgr.org/rgenes
 
 
 
启动子数据库
 
Eukaryotic promoter database
 
http://www.epd.isb-sib.ch
 
 
http://www.genome.ad.jp/dbget/dbget2.html
 
 
  
转录因子数据库
  
FRANSFAC
 
http://transfac.gbf.de
 
ooTFD
 
http://www.ifti.org
 
  
基因分类数据库
  
Gene Ontology (GO)
 
http://www.geneontology.org
 
 
蛋白质数据库
  
SWISS-PROT或TrEMBL http://www.ebi.ac.uk/swissprot/
 
 
http://www.expasy.ch/sprot/
 
PIR
 
http://www-nbrf.georgetown.edu/pir/
 
PRFhttp://www.prf.or.jp/
 
PDBSTR
 
http://www.genome.ad.jp/dbget-bin/www bfind?pdbstr-today
 
Prosite http://www.expasy.ch/sprot/prosite.html
 
 
结构数据库
 
PDBhttp://www.rcsb.org/pdb
       
 
   
 
       

 
 

http://www.pdb.org
 
NDBhttp://ndbserver.rutgers.edu/NDB/ndb.html
 
 
http://ndbserver.rutgers.edu/
 
DNA-Binding Protein Database
 
http://ndbserver.rutgers.edu/NDB/structure-finder/dnabind/index.html
 
NMR Nucleic Acids Database
 
http://ndbserver.rutgers.edu/NDB/structure-finder/nmr/index.html
 
Protein Plus Database
 
http://ndbserver.rutgers.edu/NDB/structure-finder/protein/index.html
 
Swiss 3Dimagehttp://www.expasy.ch/sw3d/
 
SCOP http://scop.mrc-lmb.cam.ac.uk/scop/
 
CATH http://www.biochem.ucl.ac.uk/bsm/cath/
 
 
酶、代谢和调控路径数据库 
 
KEGG http://www.genome.ad.jp/kegg/
 
Enzyme Nomenclature Database http://expasy.hcuge.ch/sprot/enzyme.html
 
Protein Kinase Resource (PKR)
 
http://www.sdsc.edu/kinases/
 
LIGAND http://www.genome.ad.jp/dbget/ligand.html
 
WIThttp://www.cme.msu.edu/WIT/
 
EcoCyc http://ecocyc.PangeaSystems.com/ecocyc/
 
UM-BBDhttp://www.labmed.umn.edu/umbbd/
 
多种代谢路径数据库
 
http://www.unl.edu/stc-95/ResTools/biotools/biotools8.html
 
基因调控路径数据库(TRANSPATH)
 
http://transfac.gbf.de
 
 
基因组数据库
 
禾本科比较基因组
 
http://www.gramene.org
 
GrainGene
 
http://www.graingenes.org
 
Botanical Databases
 
http://www.transgenica.com/botanicaldatabase.htm
 
Botanical Data
 
http://www.calflora.org/calflora/batanical.html
 
日本水稻基因组 (RGP)
 
http://rgp.dna.affrc.go.jp
 
水稻物理图谱
 
http://www.genome.clemson.edu/projects/rice/fpc
 
 
http://www.genome.arizona.edu
 
华大水稻基因组框架图
 
http://www.genomics.org.cn
 
欧洲水稻测序(第12染色体)
 
http://www.genoscope.cns.fr
 
Maize genome
 
http://www.agron.missouri.edu
 
Barley genome
 
http://www.css.orst.edu/Research/barley/nabgmp.htm
 
Forage grasses genomes
 
http://forages.orst.edu/
      
   
 
     
 
      
 

http://www.forages.css.orst.edu/Topics/Species/Grasses/
 
Triticum genomes
 
http://wheat.pw.usda.gov/index.shtml
 
Arabidopsis genome
 
http://www.arabidopsis.org
 
SoyBase
 
http://129.186.26.94
 
Alfalfa genome
 
http://www.alfalfa.ksu.edu
 
Cotton genome
 
http://cottongenomecenter.ucdavis.edu
 
Glycine max genome
 
http://www.zmdb.iastate.edu/PlantGDB/glycine_max.html

http://www.zmdb.iastate.edu/PlantGDB
 
C. elegans genome
 
http://www.acedb.org
 
藻类(Chlamydomonas)基因组
 
http://www.biology.duke.edu/chlamy_genome
 
粘菌(Dictyostelium)基因组
 
http://dictygenome.bcm.tmc.edu
 
Animal genomes (ArkDB)
 
http://www.thearkdb.org
 
FlyBase
 
http://flybase.bio.indiana.edu/.bin/fbidq.html?FBgn0003075
 
Mouse Genome Informatics
 
http://www.informatics.jax.org/bin/query_accession?id=MGI:97555
 
Saccharomyces Genome Database
 
http://genome-www.stanford.edu/cgi-bin/dbrun/SacchDB?find+Locus+%22PGK1%22
 
多种基因组数据库
 
http://www.hgmp.mrc.ac.uk/GenomeWeb
 
 
 
文献数据库 
 
PubMed
 
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/PubMed/
 
OMIM
 
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Omim/
 
Agricola
 
http://www.nal.usda.gov/ag98/
 
Rice Genetics Newsletter
 
http://www.gramene.org/newsletters/rice_genetics
 
Proceedings of the National Academy of Sciences USA (PNAS)
 
http://intl.pnas.org
 
 
关键词为基础的数据库检索
 
Entrezhttp://www.ncbi.nlm.nih.gov/Entrez/
 
Entrez Nucleotide Sequence Search http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Entrez/nucleotide.html
 
Entrez Protein Sequence Search http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Entrez/protein.html
 
Batch Entrezhttp://www.ncbi.nlm.nih.gov/Entrez/batch.html
 
Sequence Retrieval System, India
 
http://bioinfo.ernet.in:80/srs5/
 
Sequence Retrieval System, Singaporehttp://www.bic.nus.edu.sg:80/srs5/
 
Sequence Retrieval System, US http://iubio.bio.indiana.edu:80/srs/srsc
 
Sequence Retrieval System, UK http://srs.ebi.ac.uk/
 
GetEntry Nucleotide & Protein Sequence Search
 
http://ftp2.ddbj.nig.ac.jp:8000/getstart-e.html
 
Database Search with Key Words  http://ftp2.ddbj.nig.ac.jp:8080/dbsearch-e-new.html
 
DBGET/LinkDB http://www.genome.ad.jp/dbget/dbget2.html
 
 
序列为基础的数据库检索 
 
BLASThttp://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/
 
FASTAhttp://www.ebi.ac.uk/fasta33/index.html
 
BLITZ http://www2.ebi.ac.uk/bicsw/
 
SSearch
 
http://www2.igh.cnrs.fr/bin/ssearch-guess.cgi
 
Electronic PCR
 
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/STS/
 
Proteome analysis
 
http://www.ebi.ac.uk/proteome/
 
 
多序列分析
 
Clustal multiple sequence alignment
 
http://dot.imgen.bcm.tmc.edu:9331/multi-align/Options/clustalw. html
 
BCM
 
http://dot.imgen.bcm.tmc.edu:9331/multi-align/multi-align.html
 
EBI ClustalW analysis
 
http://www.ebi.ac.uk
 
 
系谱分析
 
PAUP http://onyx.si.edu/PAUP/
 
EBI ClustalW analysis
 
http://www.ebi.ac.uk
 
GCG packagehttp://www.gcg.com/
 
PHYLIPhttp://evolution.genetics.washington.edu/phylip.html
 
MEGA/METREE
 
http://www.bio.psu.edu/imeg
 
Hennig86 http://www.vims.edu/~mes/hennig/software.html
 
GAMBIThttp://www.lifesci.ucla.edu/mcdbio/Faculty/Lake/Research/Programs/
 
MacClade http://phylogeny.arizona.edu/macclade/macclade.html
 
Phylogenetic analysis
 
http://www.unl.edu/stc-95/ResTools/biotools/biotools2.html
 
ClustalX
 
ftp://ftp-igbmc.u-strasbg.fr/pub/ClustalX
 
MEGA
 
http://www.megasoftware.net
 
 
基因结构预测分析
 
GENSCAN http://genes.mit.edu/GENSCAN.html
 
 
http://bioweb.pasteur.fr/seqanal/interfaces/genscan-simple.html
 
 
http://bioweb.pasteur.fr
 
GeneFinder
 
http://genomic.sanger.ac.uk/gf/gf.shtml
 
 
http://www.softberry.com/nucleo.html
 
Gene Feature Searches http://dot.imgen.bcm.tmc.edu:9331/
 
Grailhttp://compbio.ornl.gov/Grail-1.3/
 
GrailEXP
 
http://grail.lsd.ornl.gov/grailexp/
 
GeneMarkhttp://opal.biology.gatech.edu/GeneMark/eukhmm.cgi
 
 
http://genemark.biology.gatech.edu/GeneMark/hmmchoice.html
 
Veil http://www.cs.jhu.edu/labs/compbio/veil.html
 
AAT http://genome.cs.mtu.edu/aat.html
 
GENEID
 
http://www.imim.es/GeneIdentification/Geneid/geneid_input.html
 
Genlanghttp://cbil.humgen.upenn.edu/~sdong/genlang_home.html
 
GeneParser http://beagle.colorado.edu/~eesnyder/GeneParser.html
 
Glimmer
 
http://www.cs.jhu.edu/labs/compbio/glimmer.html
 
MZEF http://www.cshl.org/genefinder
 
Procrustes http://www-hto.usc.edu/software/procrustes/
 
 
基因分类
 
GO Annotator
 
http://udgenome.ags.udel.edu/gofigure
 
 
蛋白质结构预测分析
 
Expasyhttp://www.expasy.ch/
 
CBS
 
http://www.cbs.dtu.dk
 
Predicting protein secondary structure http://dot.imgen.bcm.tmc.edu:9331/pssprediction/pssp.html
 
Predicting protein 3D Structures http://dove.embl-heidelberg.de/3D/
 
Predicting protein structures
 
http://dot.imgen.bcm.tmc.edu:9331/seq-search/struc-predict.html
 
 
其它分析工具和软件
 
Putative DNA Sequencing Errors Check http://www.bork.embl-heidelberg.de/Frame/
 
MatInspector
 
http://www.gsf.de/cgi-bin/matsearch.pl
 
FastMhttp://www.gsf.de/cgi-bin/fastm.pl
 
Web Signal Scan http://www.dna.affrc.go.jp/htdocs/sigscan/signal.html
 
BCM Search Launcher http://dot.imgen.bcm.tmc.edu:9331/seq-util/seq-util.html
 
Webcutter http://www.firstmarket.com/cutter/cut2.html
 
Translate DNA to protein http://www.expasy.ch/tools/dna.html
 
ABIMhttp://www-biol.univ-mrs.fr/english/logligne.html
 
sequence motifs:
Pfam http://www.sanger.ac.uk/Pfam/
 
 
http://pfam.wustl.edu/
 
ProDom
 
http://protein.toulouse.inra.fr/prodom.html
 
PRINTShttp://www.biochem.ucl.ac.uk/bsm/dbbrowser/PRINTS/
 
 
其它
 
多种数据库、分析工具和生物信息学机构
 
http://www.unl.edu/stc-95/Restools/biotools
 
多种数据库和分析工具
 
http://www.ebi.ac.uk/Tools/
 
Comparative sequence analysis
 
http://www.bork.embl-heidelberg.de/
 
 
功能基因组分析
 
Transcription profiling technologies
 
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/ncicgap/expression_tech_info.html
 
Protocols for cDNA array technology  http://cmgm.stanford.edu/pbrown/array.html
 
Data management and analysis of gene expression arrays
 
http://www.nhgri.nih.gov/DIR/LCG/15k/HTML/
 
Examples of commercially available filter arrays:
GeneFiltersTM (Research Genetics)http://www.resgen.com
 
Gene Discovery Arrays (Genome Systems) http://www.genomesystems.com
 
AtlasTM Arrays (CLONTECH)  http://www.clontech.com
   
 
      
 
  
  
   
 

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