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[数据库及其应用] 求助



求助

各位大虾,
我刚接触课题,现在想要扩增TNFR II型受体的胞外段,可是我请教了师兄师姐,他们都只会在ncbi上查TNFR II型受体的全长基因,那如何查到TNFR II型受体的胞外段的基因呢?
另外我还要查IgGFc段的基因,我要的是Fc段的CH2、CH3和连接部位,不要CH1,如果查到这段基因呢?
查不到这段基因我就没有办法设计引物,发愁啊!!

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是这个吗?注意红色字体即为胞外、跨膜和胞内的氨基酸,换算成碱基大小即可。
http://www.expasy.org/uniprot/P20333

Tumor necrosis factor receptor 2
TNF-R2
Tumor necrosis factor receptor type II


Key        From   To         Length                 Description         FTId
SIGNAL           1    22          22                              
CHAIN           23   461          439                     Tumor necrosis factor receptor superfamily member 1b, membrane form.         PRO_0000034548
CHAIN           27     ?                                Tumor necrosis factor-binding protein 2.         PRO_0000034549
TOPO_DOM           23   257          235                     Extracellular (Potential).         
TRANSMEM           258   287          30                     Potential.         
TOPO_DOM           288   461          174                     Cytoplasmic (Potential).
本帖最近评分记录
  • 小宝 威望 +1 精彩解答 08-8-8 08:40
生命诚可贵,实验价更高。

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啊,真是太感谢了!
还是网络上高人多啊!

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啊,真是太感谢了!
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纤夫真厉害!

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还有一解,大家共享

最近又请教了实验室一位学生物信息学的博士,他也教给我一个办法。
先在NCBI里查到TNFR-P75的全长基因,genebank里查到的序列号为NM_001066。然后将它CDS氨基酸序列录入TMHMM分析蛋白质的穿膜结构。submit以后就可以看到胞外区氨基酸序列了。
不过没有纤夫教的办法好,没有显示信号肽区域,只显示了胞外,穿膜和胞内区。
(TMHMM是一个在线分析蛋白质穿膜结构的软件,google上就可以搜到了)

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请教大家

在查IgGFc段的基因过程中我还是不确定哪个才是我要的人的IgGFc段的基因序列,ncbi上可以查到好多IgGFc阿,我问了师兄,他觉得可能是NM_004107.3→NP_004098.1 Fc fragment of IgG, receptor, transporter, alpha这个,能不能请教一下大家到底哪个才是啊,我实在是不确定。我把我查到的所有的人IgGFc的基因序列贴在附件里,麻烦好心人帮我看看,谢谢了
附件: 您所在的用户组无法下载或查看附件

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