大家好：
      我送菌液去英俊测序，之前我用双酶切检测过了，目的片段已经插入，但测序结果却是一个样是质粒的序列，能找到我的上游引物，但找不到插入位点两端的序列；一个样是能找到我的上游引物，也能找到插入位点两端的序列，但片段长是450bp，我的目的片段是1700bp，我要求先测一个反应，如果测序正确的话应该是能找到我的上游引物和插入位点一端的序列，片段长850左右，请问这是怎么回事啊？为什么载体插入位点两端的序列都能找到啊？难道我的目的片段打断了吗？但我已经双酶切检测过了啊！

双酶切出来的片段是1700bp吗，带Marker了吗？

测序一个反应最多不到1000个碱基，比较保险的是前面800个碱基（不算最开始的几十个碱基，信号不稳定），你要求测一个反应，自然只有部分序列测出来，而且测序一般是用载体上通用引物测的，离你插入序列的位点还有一段距离，你得到的结果中只有一部分是你要的序列，第一个样品你还得继续WALKING两个反应才能测通，肯定是没法找到两端的序列
第2个样品你是如何找两端序列的？找到了插入位点两端的载体序列？如果确定有两端的序列，可以考虑放弃这个样品

我用的是DL2000MARKER,双酶切出来是1700，我找到了插入位点两端的序列，也找到了我用的两个酶切位点，那为什么中间的450bp是我要的序列啊？难道我在操作中把基因打断了吗？还是有其他的原因？我也准备放弃第二个样品了。

可能是目的基因被切断了。

请问超级版主小宝：是不是在回收切胶的过程中把胶切断了啊？那这样的话我上次回收的DNA就不能用了吧？再重新回收？？