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[PCR引物设计] 求助！PCR引物设计


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1# 大 中 小 发表于 08-7-31 11:17  只看该作者

求助！PCR引物设计

大家好！
请问如何根据已知链霉菌属一些菌的编码葡萄糖异构酶的核苷酸序列（DNAMAN比对结果相似性高达90%以上）来设计我手头上这个链霉菌属（NCBI上查不到其编码葡萄糖异构酶的基因信息）的引物？
感谢您的回复！

[ 本帖最后由 sanxi0918 于 08-8-6 11:22 编辑 ]
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2# 大 中 小 发表于 08-7-31 13:32  只看该作者
针对同源性较高的保守区域设计，很多时候分离新的病毒、扩增新物种的基因都是这么做的。
树欲静而风不止

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3# 大 中 小 发表于 08-7-31 13:44  只看该作者

求助！PCR引物设计

我的5和3端序列也很保守，前15个碱基内只有1至2个不同，词中情况下该如何设计因无呢？
直接按照互补原则设计可以吗？

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4# 大 中 小 发表于 08-8-1 08:58  只看该作者
可以在有个别有差异的碱基处，用简并设计。

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5# 大 中 小 发表于 08-8-1 14:18  只看该作者
可以在有个别有差异的碱基处，用简并设计。

----对“简并”做一个例子解释：比如sqe1：GAGCTAGCTAGTC，seq2：GATCTAGCTAGTC，那你的引物就可以设计为：GAG(T)CTAGCTAGTC，这样不管你的模板是1还是2，都可以很好的褡裢。
合成之前跟引物合成公司解释一下，他们就知道了。

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6# 大 中 小 发表于 08-8-1 23:01  只看该作者

求助！PCR引物设计

谢谢版主的热情解答！

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7# 大 中 小 发表于 08-8-6 11:11  只看该作者

求助！PCR引物设计

第一个帖子附件里有我截的5端和3端比对序列图。请教高手，3端序列长度不一，该怎么设计引物？5端呢？

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