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[其它PCR疑难问题] 做不对称PCR的问题,求指点!!!



做不对称PCR的问题,求指点!!!

用提取的克隆质粒为模板,想P个500多碱基的单链,选择了不对称PCR的方法如下:
     第一:直接设置不对称引物,做了1:50和1:100两个浓度。
     第二:先做普通pcr,然后从产物中直接取了点为模板,加入一条引物做pcr。
     电泳,goldview为染色剂。
      结果:都有很淡的引物二聚体存在。方法一中,1:50泳道看不到任何带,1:100有500多的条带。方法二,均能看到500多的条带,但是很淡。都看不到goldviws号称的结合单链发出的橙红色荧光,全部为绿色荧光。
     求助:我怎么才能知道自己是否成功P出了单链?方法一中,为什么两对引物浓度对比小的一组反而看不见条带?

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这玩意没有做过啊,但明白是怎么回事啊。
有个问题,单链的分子量分析是否要特定的MARKER呢?
至于goldviws号称的结合单链发出的橙红色荧光,这个我想好难看到啊,平时PCR都N多次啊,都没有见过啊.
但我想你的PCR循环数应该挺重要的,至于模板浓度应该要少点,这要才会让单链产生的机会大一点.

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可以通过比较变性和非变性的胶来确定是否要的单链

不对称PCR的引物浓度是需要摸索的

限制性引物的浓度需要控制的比例

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不对称PCR有效的签定方法还是通过与探针的杂交。
变性胶也可以,不过灵敏度可能不会很高。
另外,如果你仅仅是在引物浓度方面调整,建议把引物的浓度提高一些,从1:1做到1:30,也许你会有意外的发现。

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