基因酷基因库 Genecool » 生物信息学及其应用 » 如何获得序列相似性--用的Megalign为什么出入很大？

打印

[基因分析与比对] 如何获得序列相似性--用的Megalign为什么出入很大？

1^# 大中小发表于 08-7-10 11:52 只看该作者

如何获得序列相似性--用的Megalign为什么出入很大？

如题，我照一篇文献的说明用DNASTAR的Megalign比对获得序列相似性结果和文中的差异非常大，而用clustal x1.83比对后用bioedit获得的结果倒与文中结果相近，不知道是什么原因？下面是我的操作步骤，望大家指点！谢谢！

附件: 您所在的用户组无法下载或查看附件

曲终人散尽，江上数峰请。

TOP

yf-deng

2^# 大中小发表于 08-7-10 12:02 只看该作者

下面是用bioedit的结果，不知道大家一般是用什么方法来获得相似性？

[ 本帖最后由 yf-deng 于 08-7-13 10:56 编辑 ]

附件: 您所在的用户组无法下载或查看附件

曲终人散尽，江上数峰请。

TOP

kay0205

3^# 大中小发表于 08-7-10 13:42 只看该作者

是不是跟软件内算法默认的参数有关啊？比如所有的蛋白矩阵啊什么的？

亲爱的甘荻丽娜
我终将远行
风帆扬起，迷雾散尽

TOP

yf-deng

4^# 大中小发表于 08-7-10 15:00 只看该作者

请高手指点！一般用说明软件来计算序列相似性比较好？

曲终人散尽，江上数峰请。

TOP

shaochangli
Rank: 1

5^# 大中小发表于 08-7-10 15:37 只看该作者

学习中,学习中学习中

TOP

‹‹ 上一主题 | 下一主题 ››

标题	作者	最后发表
序列分析预测	flashhyh	2007-09-02