我课题的内容是用小麦已知的EST芯片信息,在NCBI中寻找基因。我现在的做法是用EST标签,在
http://wheat.pw.usda.gov/browse?class=sequence;query=Ta*;begin=18551,中寻找到相应的序列信息,然后把得到的序列拿到NCBI中的Blastx中查找相似序列。由于没有人指点,我现在有几个疑问向各位高手请教:
1、EST得到的序列应该是mRNA序列,但是
http://wheat.pw.usda.gov/browse?class=sequence;query=Ta*;begin=18551中显示的是DNA序列(大家可以用这个标签试一下Ta.24544.1.S1_at),我用这个序列到NCBI中查找序列有问题没有?
2、目前我要做的工作是寻找功能未知基因,并且不限定物种,请问用Blastx查找是不是对的?我看网上很多都说用这个好。
3、查找的序列,怎么看那些序列能够使用,那些不能用?一般相似度在多少范围的可以信任?
4、查找的结果中,有些显示是UNIGENE,有的是GENE,请问我该选择GENE还是UNIGENE,这两者有什么不同?
5、查找出来的结果是mRNA序列,怎样扩出这个基因的DNA序列?
请各位高手多加指点,不胜感激。