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[PCR引物设计] 加入酶切位点后读码框的问题



加入酶切位点后读码框的问题

小弟菜鸟一个,请教各位达人几个问题
1、加入酶切位点后常常不能保证正确读码框,一般是在酶切位点后加入碱基补平,那么这些碱基是随意添加还是有什么规矩呢?
2、各位都有什么软件呢,有人推荐primer+oligo,前者搜引物对,后者评价,这样会不会太麻烦?
3、比如我想将pcr的产物克隆到表达质粒当中,只要在表达质粒的读码框内插入,5”引物就不用加ATG了吧?
4、NCBI上的参考序列都是单链的,就是编码链是吗?mRNA序列都是没有U的,就是外显子的编码链U换成T吗?

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第一个问题:你有点误解了,正常的酶切位点是不会影响到正确的读码框的,而加碱基是保护酶切位,有利于克隆的进行;
第二个问题:软件,个人喜欢吧,我一般就用primer 5.0就OK, 对整个PCR都了解了;
第三个问题:对啊,但要注意酶切位点啊,一般都是识别六个的为主;
第四个问题:是的,对的.

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谢谢tieniu03的热心回答

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