《常用生物数据分析软件》 里面有核酸分析的一些常用软件使用介绍
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第1章 Unix/Linux操作系统介绍 1
1.1远程登陆 1
1.2 文件的复制、删除和移动命令 7
1.3 目录的创建、删除及更改目录命令 9
1.4 文本查看命令 11
1.5 文本处理命令 13
1.6 改变文件或目录的权限命令 16
1.7 备份与压缩命令 18
1.8 磁盘及系统管理 20
1.9 软件安装简介 22
1.10 其他 23
第2章 数据的基本处理 25
2.1测序原理介绍 25
2.2峰图转化 Phred 26
2.3 Phd2Fasta 32
2.4载体屏蔽 cross_match 36
2.5 序列聚类拼接 42
2.5.1 Phrap 42
2.5.2 Cap3 50
2.6 Consed 54
2.7 Primer3 68
第3章 序列的比对 73
3.1 全局比对 76
3.1.1 Clustalw 76
3.1.2 MUSCLE 93
3.1.3 HMMER 99
3.2 局部比对 103
3.2.1 Blast 103
3.2.2 blat 117
3.2.3 blastz 123
3.2.4 GeneWise 130
3.2.5 Fasta 138
3.2.6 Exonerate 147
3.2.7 Sim4 152
第4章 基因组/基因的注释 160
4.1 重复序列分析 160
4.1.1 RepeatMasker 161
4.1.2 Trf 172
4.1.3 LTR_STRUC 177
4.2 RNA分析 179
4.2.1 tRNAScan 180
4.2.2 MicroRNA 185
4.2.3 snoRNA 193
4.2.4 rRNA（rfam） 198
4.3 基因预测 202
4.3.1 Glimmer 205
4.3.2 GlimmerM 210
4.3.3 Genscan 215
4.3.4 TwinScan 218
4.3.5 BGF 221
4.3.6 Fgenesh 223
4.4 基因功能注释 225
4.4.1 InterproScan 225
4.4.2 WEGO 231
第5章 SNP分析 236
5.1 Polyphred 237
5.2 SNPdetector 243
5.3 cross_match 250
第6章 进化分析专题 253
6.1 Phylip 255
6.2 Paml 261
6.3 KaKs_Calculator 267
6.4 FGF 275
6.5 mega 289
第7章 基因表达分析专题 293
7.1 EST(Expressed Sequence Tag)表达序列标签分析 293
7.1.1 EST基本介绍 293
7.1.2 EST分析流程介绍 296
7.1.3 BGI EST Pipeline(BEP)介绍 309
7.1.4 EST的应用 316
7.2 生物芯片(Microarray)分析 318
7.2.1 背景介绍 318
7.2.2 芯片的数据分析 320
7.2.3 芯片Oligo设计 333
7.3 Motif预测 335
7.3.1 MEME/MAST系统 335
7.3.2 MDScan 351
Motif预测小结 353
第8章 蛋白质结构预测 355
8.1 蛋白质结构知识介绍 355
8.2 蛋白质结构预测方法 362
8.3 蛋白质结构预测的Threading方法 363
8.4 蛋白质三维结构预测流程介绍 363
