摘要

    随着基因组计划的实施，分子生物信息迅速的增长。以核酸序列数据库为代表的分子生物信息数据正以指数增加，而对于这些实验数据在计算机上的存储检索却远远跟不上这种发展。因此我们需要对原来的生物学数据处理工具进行研究和改进。本文介绍了当前最为流行的核酸序列数据库检索程序——Blast，分析了制约Blast性能的原因，最后实现了对串行Blast进行并行化，通过在曙光2000上的测试，证实了这种优化工作大大改进Blast的检索性能。

关键字：分子生物信息处理，基因序列数据库，基因序列数据库检索工具， 模式匹配算法，并行程序设计

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