大家好，我的实验是这样进行的：我要进行一个病毒的全基因测序，RNA病毒全长在7300bp左右，我把两头的序列先放在那里了，是从中间开始进行测序的，从5端的200bp左右开始，测到了3端的7000bp左右，现在就剩下5末端的200bp和3末端的300bp左右没有测定了。
        我准备用Clonetech的RACE试剂盒进行3，和5，末端扩增，先了解了一下该试剂盒的说明书，发现8000多元的试剂盒只能做7次反转录，所以我现在最担心的是该试剂盒的反转录反应太少，7次还扩增不出我的两端序列（呵呵，有点不自信，主要是盒子太贵了，怕做不出来自己心里愧对老板）。我看到试剂盒的说明书上说，除了盒子里面提供的通用引物外，还需要自己在3和5末端分别设计一个GSP引物，并且GSP的长度要求在23-28nt。我现在最担心的就是设计GSP引物，我怕设计GSP的扩不出来。
        请问大家谁用该试剂盒做过RACE？？对我的实验多给我指点指点，特别是设计GSP引物多提点建议吧，越具体越好，呵呵。谢谢了！！

我也要做呢，也想请教大家！

在已知序列设计引物，然后在NCBI上比对一下，引物设计的条件要符合试剂盒里地要求。

还有就是，我做的时候，是一端一端来的，先做3'，再做5'，3'不需要用这么好的试剂盒的。

1般3‘RACE比5’RACE容易点。
GSP的设计应该不会难，一定要是特异还有保守性强的序列；
另一重点就是RNA的序列的完整性。

tieniu03说的很对，引物在符合设计原则的基础上只要特异性好就可以了。按照说明书的要求来做，应该很容易做出来的。