我的宝生物的3’RACE试剂盒做3'RACE，结果出来之后送到宝生物测序，结果出来后，我觉得我得到的应该是目的片段，因为3’RACE的序列的5'区和我已知的中间区域的序列有200多bp是完全重合的！但觉得序列比较奇怪，末端的确是有12个A（poly A），可在poly A的前面却没有AATAAA的多核苷酸序列，而且ORF结果也没有stop codon！太奇怪了啊！这怎么可能呢？可，为什么会出现这是测序结果误差的问题吗？如何修正呢？请各位高手指教！

3'-RACE是会有杂结果的可能，因为反转录时的polydT引物在42度下结合的严谨性不算很高，因此RT和RACE实验都有可能有杂带出现，也就是polydT的非特异结合造成。从lz叙述看，有几种可能：首先是由于polydT引物的非特异结合在你的目的cDNA的3‘末端前部，造成RACE没有拉全，这个没有关系，可以继续RACE挑更大的片段或者在逆转录时将温度上调（45~50度）；第二是由于基因组污染造成的非特异扩增，建议GSP应设计在cDNA的外显子连接区，或者RNA彻底去基因组处理（DNase I），或者RACE时做个未转录对照，排除基因组污染的干扰；第三有可能是测序的误差造成你没有找到stop codon，建议根据长度测通，至于加尾信号，AATAAA只是最为常见的一种，实际的情况中经常发现非常规的加尾信号。

首先谢谢楼上的啦~我3’RACE的inner PCR结果是一个很亮的单带，没有别的杂带，背景很干净。所以我很奇怪呢~那如果没有AATAAA，还会有别的什么情况出现呢？

真核生物情况比较复杂，我自己是以斑马鱼为研究对象，有遇到AATAAT和AATAA的情况