我要扩增的目的基因本身都带有起始密码子和终止子，该蛋白的分子量是56KD。使用的表达载体为pET32a(+)，两个酶切位点为NcoI和EcoRI。表达后，我用SDS-PAGE来检测表达情况。请问：最终蛋白的分子量是目的蛋白本身还是加上标签后的融合蛋白呢？我看图谱上有trx、His（N和C端）和S共四个标签，这四个都融合表达吗？应该C端不表达吧，那其他三个标签都表达后的总分子量加上56KD就是最终的分子量吧，那这三个标签的分子量是多少呢？很着急啊，谢谢！
有的酷友说选的酶切位点是NcoI，则会非融合表达，不会表达标签。为什么呢？
有的酷友说表达的蛋白应该是从启动子到终止子，那trx、His（N端）和S三个标签都应该都表达啊，因为都在启动子的下游嘛，那最后得到的应该是融合蛋白吧？
看了两篇文献，一个设计的酶切位点是NcoI和XhoI，结果得到的蛋白好像是目的蛋白加上trx标签（12KD）形成的融合蛋白，
另一个只是看了文献的摘要，结果得到的蛋白好像是目的蛋白加上上面三的标签（总计20.4KD？）后形成的融合蛋白。
请高手指教啦！

为什么大家都不理会我的问题？

我也很想知道这个问题的答案啊！
希望高手解答！

先仔细看图谱http://www.merckbiosciences.com/docs/docs/PROT/TB122.pdf
将目的基因克隆在NCO I和EcoR I之间，并未切掉前面的TAG，所以表达出来还是个融合蛋白
你的基因带有“起始密码子”和终止密码子，不过核糖体在mRNA上滑行的时候从第一个起始密码子开始翻译的，所以你插进去的起始密码子只是一个Met密码子而已，不再是起始密码子，而带进去的终止密码子能起到作用，所以表达出来的蛋白应带有前面的TAG，到你的基因3'端翻译终止。
关于分子量，你应该去下载载体的序列，其网站有提供，这是你做表达必须做的工作，这样你才知道最终你表达的真正序列，计算分子量可以在http://www.proteomics.com.cn/tools/mwcal/，你提供DNA序列，能计算出精确分子量

替他谢谢了

我的蛋白是20kd,用的酶切位点是EcolI和HindIII,可是SDS-PAGE跑胶后，分子量将近30kD了，不知道是什么原因，请各位高手指点下啊

就是看你所插入的片断前面，质粒载体本身有没有起始密码子，有的话就是融合蛋白，没有就是非融合蛋白！