我这两个月做了两次5’RACE，都是用的TaKaRa的5'-Full RACE Kit，预测的目的带应该是700bp左右，inner PCR之后，电泳显示，果然出现了700bp的一条带，但很弱，于是用inner的条件做了2次PCR，结果得到很亮的一条700bp的带，可杂带也出现了，且背景较重，我割胶回收700bp的片段，连到pMD18-T，转化到感受态细胞中，蓝白斑筛选阳性克隆，菌落PCR后选较好的测序。可两次结果都是非目的片段（结果中有我的设计的GSP引物和试剂盒里的inner primer，但和我已经做出的中间区连接不上，blast结果也显示没有相似的序列），RNA的质量不错，之前已经成功扩增该序列的3'端。导师建议我重新设计引物，我也在试着重新设计，但怎么才能特异性高呢？也许是在别的环节上出了问题，问了好多人也不知道怎么弄，导师要我在8月之前把实验做出来，发文章，着急！！！！希望得到高人指点！！！谢谢了！orz！

我也做这个，不过没有出现你的这种情况，一般做出来了就是目的片段了。

要么就是你把引物再研究一下，要么是测序有问题吧。不知道你要哪家公司帮你测的，现在好多公司都捣糨糊。

我也是用的宝生物公司的5'-Full RACE Kit做的，一次就成功了，没有遇到你所说的情况。可不可以用inner只做一次PCR？虽然条带弱，可以多回收几管后检测一下回收质量，应该不会影响连接转化的。实在不行的话，也只有重新设计引物了！
个人建议，期待高手来进一步解答！