根据MEGA说明书，该软件处理的序列（不论核酸、蛋白）应当为一样长度，所以在分析之前必须对序列进行联配（align）。
如果序列长度差异在在内部，即存在插入/缺失（insert/deletion），联配后短序列中缺失的部分会自动以连字符（dash）填充；若序列长度差异在两端，则联配后须要手动将序列修剪齐平（trim）。
联配（align），传统上使用 Clustal 来完成，不过 MEGA 已经集成了该功能，所以我几乎就不用 Clustal 了。
经 MEGA 联配的一组序列默认保存为 .mas 格式文件，此格式为 MEGA 联配序列专用，可编辑，包括进行序列修平（trim），即选中多于的部分按Delete键删除。当保存完 .mas 格式文件退出 MEGA 时，程序会提示用户是否保存 .meg 格式文件，这是 MEGA 做进化分析的专用文件格式，一旦保存，程序本身不再提供对该文件的修改——当然，用记事本可以打开该文件，但相信几乎没人会在记事本中编辑序列吧。所以，如果对联配结果不满意（问题基本上出在对插入/缺失位点核苷酸的对齐上），可以用MEGA打开 .mas 格式文件，手工微调、修正后重新保存为 .meg 格式文件，然后再作进一步分析：基本多态统计、遗传距离、建树等。
经以上处理过的序列长度一致，就不会报错了
