用简并引物扩增出中间片段，后面在设计出特异引物，用takara的5‘race 和3’race试剂盒，加LA的酶做3’5’race。现在已经得到测序结果，但是拼接上遇到问题，不知道如何拼接。因为我扩增的基因，这个物种的基因组没有测序，所以信息量很少。
1. 用什么软件拼接，codingexpress，还是sequencher，还是bl2seq，还是直接让测序公司拼，但是发现结果都不一样，而且相差很大，郁闷啦！不知道该如何办？

我是这么做的
1 用http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/bl2seq/wblast2.cgi在线比对之后去除重叠部分（克隆后测序先去掉载体序列再比对）拼接出全长
2 blast一下看看是不是你要的序列，之后预测一下ORF看和同类基因的蛋白有什么区别没有（主要是数量有什么不同，我有一次就是因为这样导致了ORF过短终止密码子提前出现）
3 根据先前扩的小片段去修正可疑的地方
4 看看自己拼接的序列与测序公司拼接的有什么不同
以上是个人浅见，有不对的地方请大家共同讨论！