已经获得中间片段,怎么扩增上下游片段?
现在我要扩增一个基因,而该物种这个基因序列是未知的,通过同源序列比较,设计兼并引物已经获得了731bp(总长为1092bp),想请教各位达人怎么扩增上下游的未知序列?我现在的操作是这样的:
1.限制酶部分酶切总DNA
2.酶切产物加热失活(也试过纯化回收)
3.酶切产物与含有相应限制酶粘性末端的接头T4连接酶16度连接;
4.连接产物作为模板,接头中的一条单链match(见附件)为引物之一,另外一条引物为根据已获得的731bp设计的P2去扩增上游序列(扩增下游用引物match,P3),进行PCR
可是不管怎么做,已经试过四种限制酶,也摸索过pcr的条件,可还是没有任何条带,想请教哪位高人知道我的实验到底是哪一步出了问题?还有除了RACE,反向PCR还有什么办法扩增全长序列,因为小实验室老板舍不得买RACE的试剂盒,愁死了
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