威望、酷币、资源币获取方法及用途
基因酷保藏中心资源获取规则
保藏中心资源获取流程详细说明
基因酷保藏中心资源进出明细
领取红包获得资源币和威望
各版诚拜版主,每版欲聘5名
生物科研网址导航使用说明
生物科研网络助手使用说明
基因酷资源免费,望您点击广告
来支持基因酷
基因酷大事件回顾
论坛使用说明及酷友指南
基因酷FTP的使用及说明
基因酷个人空间(博客)使用帮助
邀请您参与《生物信息学分析系列图书》编写
祝贺酵母共享平台的建立,征集细胞株共享实验技术支持!
科研文献、资料分享交流倡议
基因酷网络资源调整公告!
情系灾区,奉献爱心
 29 123
发新话题
打印

[其它PCR疑难问题] 求助:PCR得不到目的基因,怎么办,请各位高人指教.


武林三国

求助:PCR得不到目的基因,怎么办,请各位高人指教.

各位大侠,最近我一直都在做PCR,可是总得不到目的基因,请大家帮我分析一下原因,谢谢!
   我的基因是PCNA(增殖细胞核抗原),ORF为78 3bp,设计引物为:
上游引物:  CGGGATCCATGTTTGAGGCACGTTTA(BamHI)GC%: 50%  Tm=63.57
下游引物: CCGCTCGAGTCAGCTGTCTTCTTCCT(Xho1)GC%:57.7% Tm=66.72
我以我们实验室的cDNA为摸板,采用下面的体系(25微升):
ddH2O :18.5  
10Xbuffer 2.5
cDNA    0.5
dNTP   0.5
pre上/下 1.0
Taq 酶: 0.5
预变性:94度,10分钟,变性:94,1分钟,退火温度用过51度,40度,延伸温度为72度,1分钟,最后延伸72度,10分钟,
结果怎么都出不来,我们实验室同学都表达了蛋白,我才刚开始,急死了,请大家帮帮忙.

TOP


你的cDNA质量能够保证吗?一般PCR扩不出来,首先要考虑模板的问题。cDNA浓度是多少,含量如何等等。如果模板没问题,再看你的引物是否特异性比较好。你没有获得条带,是一点东西都没有还是没有目的条带?
若不思报国,与禽兽何异?

TOP


武林三国

什么都没有

CDNA是我们实验室自己制备的,具体的浓度我不太清楚.同组同学用这个模板做出来了,我的上下游引物各有15个碱基与模板配对,但是我两次都没有得到任何条带。

TOP


做一个阳性对照吧

TOP


武林三国
15个碱基有些短,你可以考察一下不同酶体系,不同的taq酶扩增还是有很大差别的。如果模板和引物没有问题,就更换酶体系吧,或者试试touchdown,看有没有条带。
若不思报国,与禽兽何异?

TOP



无奈

上面说错了,我的上下有游引物游17个碱基配对。
我今天用了其他同学的cDNA 和Taq酶,引物用自己的;同时用同学的引物,用我的cDNA 和Taq酶,dNTP增加到1微升,其他条件不变,退火温度用40度,还是一无所获,我都不知道该从哪里找原因了。

TOP


武林三国
你的引物和同学的引物都没有扩出东西吗?以前你同学是可以扩出来的吗?你和同学的cDNA有区别吗?如果没有,就应该是你程序的问题了。
若不思报国,与禽兽何异?

TOP


是的,我们两个的都没有批出来,以前她是可以批出来的,
我用他们组的cDNA,她的那管用我们组的。
我现在用了总DNA,同学组的cDNA和Taq酶,分别用我的同学的引物来批,不知道结果如何人,谢谢各位了。

TOP


武林三国
欢迎以后常来讨论啊!大家共同进步!祝你好运

[ 本帖最后由 hyde 于 08-4-30 20:48 编辑 ]
若不思报国,与禽兽何异?

TOP



谢谢!

谢谢版主! 昨天去看了场电影,回来满心期待终于可以批出来了,可是,事与愿违,还是啥都没有,我寻思是不是我好久不做试验,技术下降,今天让同学代劳,重做一遍,依然期待结果。

TOP

 29 123
发新话题