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[原核表达] 什么情况下发生移码突变?


武林三国

什么情况下发生移码突变?

这几天看了论坛的一些资料对移码突变不是很了解,希望大侠能具体解释一下阿!

主要是在以下几个方面
1.移码突变是随机的吗?引起移码突变的原因有哪些?
2.移码突变发生后主要的症状有哪些?表达量低?
3.发生移码突变后的解决方法。如何检验发生移码突变?
  等等!

最近在做重组菌的优化,但是表达量上不去,怀疑是发生移码突变了,在这里感谢tangboyun版主的帮忙!

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1、突变是随机的……虽然有些序列会成为突变热点,但尚不清楚机制。DNA复制不是100%概率正确,紫外等致畸变物都可加大概率,但是质粒传代时候出现突变,然后再给你转化了挑中,基本是中六合彩的几率。一般是构建时不慎引入较多,又没有测序检验导致流毒无穷。你拿来的质粒,构建者的诱导记录有么……查一下……

2、症状一般是非期望的分子量的表达蛋白,因为终止子位置改变,但如果始终没有终止信号,或者要经过较长序列以后才有终止信号,也有可能根本检不出表达蛋白(核糖体随机从某位置掉落,没有固定分子量),但因为会消耗细菌大量能量和原料,导致自身蛋白含量下降。

3、解决办法:
1)如果突变位点非常多……,重头开始构建……
2)个别位点突变,在突变位点两侧使用5端磷酸化引物重新扩增整个载体+目的基因,平端连接后,测通表达基因部分,这时候:
    Ⅰ  要求不太严谨的情况下,多挑几个克隆去诱导,诱导OK,PASS(载体部分可能有突变,但不影响表达,忽略)
    Ⅱ  无法容忍载体可能的突变,则在测序范围内的两侧,寻找酶切位点,切下后再装进没PCR过的载体骨架。

具体选择何种策略……取决于需要消耗的时间……

但我还是提醒你,先把其他因素排除再说 ,质粒序列先送去测,看情况如何再说。
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  • 纤夫 威望 +1 精彩解答 08-4-3 09:05
缺乏社会责任,没有远大理想,关起门来做研究对社会也没有多大用处。

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武林三国
我仔细的阅读了版主的建议,学到了好多知识,再次谢谢版主!

我自己初步判断了一下可能的问题,该质粒突变位点应该不是很多,也看了前期他人构建的质粒信息,可能出问题的地方是在酶切上面,他设的pet-28a质粒的双酶切是sac I和EcoR I ,我查了一下,这两个酶切的位点相差太近了,一个是190 ,一个192!
我想问一下版主这样对于移码突变是不是很容易产生!

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酶切应该不会造成

关键他是否测通过序列,成功诱导过表达,如果有这方面记录,则突变这个原因的可能比较低。总而言之,你测序把。
缺乏社会责任,没有远大理想,关起门来做研究对社会也没有多大用处。

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武林三国
测序大概多少钱(质粒8Kbp),现在我也不能确定是否真的是移码出问题,不好向老板说!

他的实验记录里有成功诱导表达过,给我以后我就没有跑出过条带来过!

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不是真要测通8kb……你看看插入片段多大,一般表达载体都有专门的通用测序引物设计在多克隆位点两端的,把那段测通就可以了。然后得到序列用软件分析下阅读框。

测序价格我这里差不多35到45块一个反应,一个反应700-800碱基。

把情况和分析结果去和老板谈谈,然后问老板意下如何。把别人能诱导的,拿来质粒做好对照,排除你的条件、菌株有无问题,
缺乏社会责任,没有远大理想,关起门来做研究对社会也没有多大用处。

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武林三国
谢谢,昨天12点就回去了,早上看到你的留言了,非常感谢!

你提到的表达载体有通用测序引物设计在多克隆位点两端,把那段测通就行了吗?

我用的是PET28a载体,同样也有吧,
T7 primer        TAATACGACTCACTATAGGGAGA
T7 promoter primer        TAATACGACTCACTATAGGG
T7 terminator primer        TGCTAGTTATTGCTCAGCGG

上面的引物用1和3,还是2和3? 这样扩出来的是不是加了启动子的所以插入的片段?不是不差不多是3000bp?我要求的插入的酶是2800bp!

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