Protein docking
无意中看到的一本书，贴上来~
Protein docking
Contents
1 Introduction 3
1.1 Biological background . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3
1.2 Physical background . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3
1.2.1 General . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3
1.2.2 Forces . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4
1.2.3 Other physical factors . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5
2 Molecular docking 6
2.1 Docking methods . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 7
2.1.1 Molecular dynamics . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 7
2.1.2 Monte Carlo methods . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 8
2.1.3 Genetic algorithms . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 8
2.1.4 Fragment-based methods . . . . . . . . . . . . . . . . . . 8
2.1.5 Point complementary methods . . . . . . . . . . . . . . . 9
2.1.6 Distance geometry methods . . . . . . . . . . . . . . . . . 9
2.1.7 Tabu searches . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 9
2.1.8 Systematic searches . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 10
2.2 Force eld models . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 10
2.2.1 Classical force eld models . . . . . . . . . . . . . . . . . 10
2.2.2 Second generation force eld models . . . . . . . . . . . . 11
2.2.3 Generalized force eld models . . . . . . . . . . . . . . . . 12
3 Software 13
3.1 AutoDock . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 13
3.2 DOCK . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 14
3.3 FlexX . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 14
3.4 Gold . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 14
3.5 Summary . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 15
4 References 17
[ 本帖最后由 downsea 于 08-3-31 14:42 编辑 ]
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