构建系统发育树
2007年05月18日 17:55:18 作者： downsea
构建系统发育树
多序列比对软件Clustal和系统发育分析软件Phylip的应用
1．
源序列的Fasta格式准备：
访问Ncbi主页，查询书上p109表4－5上p17gag的9个Genbank登录号，找到对应序列后，让其用Fasta格式显示，将这些Fasta格式的序列拷贝进一个word文档中。该word文档中的Fasta格式序列如下排列：
>gi|1532267|gb|U68521.1|HIVU68521 HIV-1 sample 9939 patient 10 from Sweden matrix protein (gag) gene, p17 region, partial cds
ATGGGTGCGAGAGCGTCAGTATTAAGCGGGGGAGAGTTAGATAAATGGGAAAGAATTCGGTTAAGGCCAG
GGGGAAAGAAAAAATATAAATTAAAACATATAGTATGGGCAAGCAGGGAGCTAGAACGATTCGCAGTTAA
TCCTGGCCTTTTAGAAACATCAGAAGGCTGTAGACAAATACTGGGACAGCTACAACCAGCCCTTCAGACA
GGATCAGAAGAACTTAAATCATTACATAATACAGTAGCAGTCCTCTATTGTGTGCATCAAAGGATAGATG
TAAAAGACACCAAGGAAGCTTTAGAGAAAATAGAGGAAGAGCAAAACAAAAGTAAGAAAAAAGCACAGCA
AGCAGCAGCTGACACAGGAAACAACAGCCAGGTCAGCCAAAATTACCCTATAGTGCAGAACCTTCAGGGG
CAAATGGTA
>gi|1532263|gb|U68519.1|HIVU68519 HIV-1 sample 256 patient 9 from Sweden matrix protein (gag) gene, p17 region, partial cds
ATGGGTGCGAGAGCGTCAGTATTAAGCGGGGGAGAATTAGATAAATGGGAAAAAATTCGGTTAAGGCCAG
GGGGAAAGAAAAAATATAAATTAAAACATATAGTATGGGCAAGCAGGGAGCTAGAACGATTCGCAGTTAA
TCCTAGCCTTTTAGAGACATCAGAAGGCTGTAGACAAATACTGGGACAGCTACAACCGGCCCTTCAGACA
……
……
对照书上表4－5记下各个序列的gi号（如p10.9939—U68521—gi1532267）
2． Clustal多序列比对——Phylip的源数据文件准备：
访问Clustal主页，将准备好的9个Fasta格式序列都粘贴到其input窗口，将其输出格式选择为Phylip，
然后运行比对。
在phylip9596文件夹中建一个文本文件（如infile.txt），将比对结果中的Phylips格式数据段拷贝存入其中。Phylips格式数据段如下：
9 438
gi|1532267 ATGGGTGCGA GAGCGTCAGT ATTAAGCGGG GGAGAGTTAG ATAAATGGGA
gi|1532259 ATGGGTGCGA GAGCGTCAGT ATTAAGCGGG GGAGAATTAG ATAGATGGGA
gi|1532263 ATGGGTGCGA GAGCGTCAGT ATTAAGCGGG GGAGAATTAG ATAAATGGGA
gi|1532243 ATGGGTGCGA GAGCGTCRGT ATTAAGCGGG GGAGAATTAG ATAAATGGGA
gi|1532253 ATGGGTGCGA GAGCGTCAGT ACTAAGCGGG GGAGAATTAG ATAAATGGGA
gi|1532255 ATGGGTGCGA GAGCGTCAGT ATTAAGCGGG GGAGAATTAG ATAAATGGGA
gi|1532249 ATGGGTGCGA GAGCGTCAGT ATTAAGCGGG GGAGAATTAG ATAAATGGGA
gi|1532247 ATGGGTGCGA GAGCGTCAGT ATTAAGCGGG GGAGAATTAG ATAAATGGGA
gi|1532257 ATGGGTGCGA GAGCGTCAGT ATTAAGCGGG GGAGAATTAG ATAAATGGGA
AAGAATTCGG TTAAGGCCAG GGGGAAAGAA AAAATATAAA TTAAAACATA
AAAAATTCGG TTAAGGCCAG GGGGAAAGAA AAAATATAAA TTAAAACATA
……
……
3． Phylip程序构树：（以邻接法为例）
a）
自展：
双击运行phylip9596文件夹下的seqboot程序，进入dos窗口；输入文件名infile.txt, 回车；seed=1, 回车；Y（注意R＝100表示自展次数）, 回车，等待计算；
这时，你会发现，在phylip9596文件夹下增加了一个outfile文件，将此文件重命名为seqboot。
b）
距离计算：
双击运行phylip9596文件夹下的DNADist程序，进入dos窗口；输入文件名seqboot, 回车；D, 回车, D，回车，直到D为J－C置换模型；M，回车，100（表示自展次数）, 回车；Y，回车，等待计算；
这时，你会发现，在phylip9596文件夹下增加了一个outfile文件，将此文件重命名为DNADist。
c）
构树：
双击运行phylip9596文件夹下的Neighbor程序，进入dos窗口；输入文件名DNADist, 回车；注意N为Neighbor Joining（邻接法）；M，回车，100（表示自展次数）, 回车；Y，回车，等待计算；
这时，你会发现，在phylip9596文件夹下增加了一个treefile文件，将此文件重命名为Neighbor。
d）
推定一致树：
双击运行phylip9596文件夹下的consense程序，进入dos窗口；输入文件名Neighbor, 回车；Y，回车，等待计算；
这时，你会发现，在phylip9596文件夹下增加了一个outfile文件和一个treefile文件；将outfile文件重命名为outfile.txt, 双击查看可以了解一致树的树型和主要参数；
e）
显示结果（一致树）树形：
双击运行phylip9596文件夹下的drawtree程序，进入dos窗口；输入文件名font1, 回车；x，回车；I，回车；x resolution为
400，回车；y resolution为300，回车；Y，回车，再回车两次，显示构树结果。
