如果我用MEGA构建两种树（假设是NJ树和MP树），是不是要分别用两种多序列比对方法呢？
换句话说：用同一种比对方法（比如Clustal默认）比对后的序列，可不可以构建不同的树（如NJ树和MP树），然后而证明树的可靠性？
先谢谢解答者。

好像有点像地图上的比例尺，你可以验证一下。

知道了，谢谢！！

引用:

原帖由 孤明月 于 08-5-27 12:43 发表
如果我用MEGA构建两种树（假设是NJ树和MP树），是不是要分别用两种多序列比对方法呢？
换句话说：用同一种比对方法（比如Clustal默认）比对后的序列，可不可以构建不同的树（如NJ树和MP树），然后而证明树的可靠性？
先谢谢解答者。 ...

题目解答不了，倒是又有问题想问啊 呵呵。如果我用MEGA构建两种树（假设是NJ树和MP树），是不是要分别用两种多序列比对方法呢？除了clustal还有别的什么多序列比对方法呢？clustal不是本身也是个软件吗，也同样是比对方法的名字吗？用同一种比对方法（比如Clustal默认）比对后的序列，可不可以构建不同的树（如NJ树和MP树），然后而证明树的可靠性？我觉得这个可以。

clustal不是序列比对方法，只是个软件而已（有clustalW和clustalX之分，前者用于Unix，后者用于Windows），它的的多序列比对算法是渐进法。多序列比对算法此外还有：遗传算法、模拟退火算法、隐马尔科夫模型等。

好极了，又长见识了啊！ 谢谢！！

after alignment,
how to save the file as *.meg? thank you!

thanks .

引用:

原帖由 jusy17fly 于 08-6-3 22:35 发表
after alignment,
how to save the file as *.meg? thank you!

1、MEGA2只能打开meg格式（该软件自己定义的格式）的文件，但是它可以把其他格式的多序列比对文件转换过来。点File:Convert to MEGA Format...打开转换文件对话框

如下图所示：


2、选择文件和转换文件对话框，(能转换的原文件格式见下拉菜单，也就是说你的序列比对结果的文件格式必须是其中的一种，否则将不能转换成.meg格式，也就不能使用该软件进行构树) ，下图是以aln格式（Clustal的输出文件）转换meg文件为例
如下图所示：E



3、转换好的meg文件，点存盘保存meg文件，meg文件会和原来的aln文件保存在同一个目录

如下图所示：




然后打开刚刚转换好的.meg文件就可以构树了。


这是MEGA2.1的界面，现在好像到MEGA4.1了，不知道界面是不是一样的。

[ 本帖最后由 孤明月 于 08-6-4 18:31 编辑 ]

引用:

原帖由 有空来看看 于 08-5-23 12:28 发表
再问个问题：构建进化树的时候有很多种选择，像NJ树 ME树 MP树等。我想问一下他们具体含义是什么啊。偶在百度里搜不到，就来问了，希望能有人回答 ...

NJ法－邻接法：
特点：NJ法是基于最小进化原理经常被使用的一种算法，它构建的树相对准确，假设少，计算速度快 ，只得一颗树。
缺点：序列上的所有位点等同对待，且所分析的序列的进化距离不能太大
适用：进化距离不大，信息位点少的短序列

MP法－最大简约法
特点：基于进化过程中碱基替代数目最少这一假说
缺点：推测的树不是唯一的，变异大的序列会出现长枝吸引而导致建树错误。
适用：序列残基差别小，具有近似变异率，包含信息位点比较多的长序列

ML法－最大似然法
原理：考虑到每个位点出现的残基的似然值，将每个位置所有可能出现的残基替换概率进行累加，产生特定位点的似然值。ML法对所有可能的系统发育树都计算似然函数，似然函数值最大的那颗树即最可能的系统发育树
优点：在进化模型确定的情况下，ML法是与进化事实吻合最好的建树算法
缺点：计算强大非常大，极为耗时

注：信息位点：必须在至少2个分类群中具有相同的序列性状

推荐看看偶的生信分析实例，相信有所启发：http://bbs.genecool.com/thread-17303-1-1.html