直接法提取活性污泥总DNA[14]
活性污泥预处理：置5-10 mL活性污泥于50 mL的灭菌离心管中离心3 min（8,000 × g，4℃），弃上清；沉淀悬浮于20 mL无菌水中，向管内加入5 g灭菌玻璃珠，置于漩涡振荡器上振荡片刻，再次离心；弃上清后加入20 mL 0.1 M磷酸钠缓冲液（1 L缓冲液中含Na2HPO4.12H2O 33.34 g，Na2H2PO4.2H2O，1.06 g；pH 8.0），振荡，离心，再重复3次（去除胞外DNA用）。
总DNA的提取和纯化：称取0.1 g沉淀，放入4℃预冷并含有少量无菌、酸处理石英沙的研钵中后加入液氮快速研磨，将粉末小心转入5 mL离心管中；加入3倍体积的提取缓冲液[0.1 M Tris-HCl（用800 mL蒸馏水溶解121.1 gTris碱，加浓盐酸调pH至8.0，115℃灭菌分装）；0.01 M EDTA-Na2（将186.1 g EDTA-Na2.H2O加入800 mL去离子水中，用NaOH调节pH值至8.0，定容至1 L。使用前稀释50倍）；1 M NaCl；1% (w/v%) CTAB（hexadecyltrimethylammonium bromide）；1% β-巯基乙醇]，再加等体积的20% (w/v%) SDS（Sodium Dodecyl Sulfate）；65℃水浴15 min，其间每隔5 min颠倒离心管数次；加入0.1倍体积的3 M 4℃预冷的乙酸钠（向800 mL去离子水中加入408.3 g三水乙酸钠，再用冰乙酸调节溶液pH值至5.2，定容至1 L备用），冰浴15 min；加4℃预冷的等体积氯仿/异戊醇（v/v = 24/1），颠倒数次后离心5 min（12,000 × g，4℃），视情况重复抽提1-2次；小心转移上清至1.5 mL离心管中，加入2.5倍体积的－20℃预冷无水乙醇，颠倒数次。用毛细管小心缠绕DNA絮状体，用预冷的70％乙醇洗涤数次；待乙醇挥发完后溶于250 µL超纯水中，加RNaseA 3 µL（10mg/mL），37℃温浴15-20 min。样品于－20℃保存备用。
总DNA的CTAB法纯化：向待纯化总DNA中加入5 M NaCl（终浓度约为0.7 M）和10%（w/v%）CTAB（终浓度约为1%）；65℃水浴12 min后13,000 rpm离心10 min；无菌操作下将上清液转移至另一灭过菌的离心管中，并随后加入等体积的氯仿/异戊醇（v/v = 24/1）进行抽提；吸出水相后，向其中加入2.5倍体积的－20℃预冷无水乙醇，颠倒数次，放入－20℃冰箱存放1 h；13,000 rpm离心10 min后，用预冷的70％乙醇溶液洗涤数次；无菌风吹干后重新悬浮于1 × TE（首先配置pH值为8.0的10 × TE溶液：向pH值为8.0的0.1 M Tris-Cl中加入一定量的EDTA-Na2.H2O，使EDTA-Na2.H2O终浓度达0.01 M，115℃灭菌分装；使用前再稀释10倍）溶液中。
