今天接到遥远老板的来电，急需查出某条基因的启动子序列，说他第二天早上就要，虽然搜到不少讲怎么找启动子的，但总是只言片语，我比较笨搞清别人的含义需要很长时间，于是把我折腾了一个白天，下面就记录下自己查找启动子的整个过程希望对后来的兄弟有点帮助：
  首先就是想直接查找有没有人做过这条基因的启动子，在pubmed中输入genename+promoter，返回15条记录，大概浏览了下摘要，很失望没有:( ;

  接着就想看看有没有数据库可以直接给出启动子序列的，很幸运竟然发现一个极好的启动子搜索讲义网站，如下，http://inn.org.il/workshops/bgu/promoterworkshop.html
其中给出了查找启动子的一般步骤，并且列出了所要用到的工具，兴奋！

  第一步就是要找到基因确定基因所在基因组区域，其中列出很多网站，不过偶还是习惯genbank，在gene栏中search某个基因，不要搞错基因种属！进入后即可看到该基因的详细条目，别眼花，就点击右侧link栏的Map viewer链接，进入即可看到该基因在染色体上的形象定位，鼠标悬停在基因的起始位点时，即可在浏览器下方的状态栏中显示该位点在染色体上的明确定位，比如110997788，结合给出的基因跨度，比如110778899-117708899，即可大概确定该启动子在基因组中的大概定位，即110778899-110997788；

  第二步搞清楚基因组状态，我没搞太清楚，不过其中给的一个链接来查出启动子所在克隆（查出克隆号可以购买）http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/guide/mouse/
该链接中的clonefinder工具可以做到，只要提交你要查找的基因officialname就可以返回一个clonelist；

  第三步搜索启动子，其中可以用启动子数据库和启动子预测软件，当然如果启动子数据库中有最好，但很失望给出的数据库均不能查到！只好用启动子预测软件，使用了几个在线预测工具后觉得下面这个速度贼快，推荐http://www.cbs.dtu.dk/services/Promoter/
我把该基因的dna序列submit之后返回了很多个PolII识别位点，到底哪个是呢？我个人理解启动子应该是翻译起始位点附近，所以在这个dna序列中定位翻译起始位点即可找到最近的Highly likely prediction，那么怎么定位呢？利用blast2这个利器，只要把dna和mrna序列粘贴进去提交就ok，正好在翻译起始位点上游几百bp有个识别位点，ok！启动子序列就是翻译起始位点上游大概1kb长度的序列了！

哈哈，说了很多废话，不过感觉把我搜索的整个过程详细记录下来了，斗胆在这里献丑，希望朋友们别扔砖头，而且很多地方还值得探讨，so请大家指正！

不错的帖子， ，感谢楼主。

很好，很强大 。

我想请问一下：

引用:

利用blast2这个利器，只要把dna和mrna序列粘贴进去提交就ok，正好在翻译起始位点上游几百bp有个识别位点，ok！

这个提交之后返回的内容怎么看呢？怎么看出来翻译起始位点在哪里的呢？谢谢前辈们解答

谢谢，但是http://inn.org.il/workshops/bgu/promoterworkshop.html这个网站为什么打不开呢？

我将新开一个帖子介绍快速获的启动子序列的方法，敬请关注。

[ 本帖最后由 Quifidelity 于 08-5-27 15:41 编辑 ]

强烈支持 ,请问如何找靶向启动子啊

呵呵，启动子，这东西其实很难说，光是找到一个序列，没用……麻烦的在后头……

关键是证明：这个片段可以引导下游基因的特异表达。

比如在后头插一个EGFP，如果这个EGFP和该基因的特异性表达一致，这才能说，你拉得这个片段是该基因完整的promoter。最简单的检验方法就是插一个pGL3这种载体，在相关组织的细胞中验证luciferase是否特异表达。 完整的证明，需要转基因……
只是拉一个核心启动子的话，对分子生物学实验来说，毫无意义……很多情况下，拉到的片段会丢失promoter特异性。

[ 本帖最后由 tangboyun 于 08-5-30 14:30 编辑 ]