大家好，我在用real-time PCR做基因的相对定量分析．是分析一个质量性状基因在各个时期的表达效果．在做的时候发现相同的重复做出来的扩增效果是不同的，那请问那还能用平时的那三种分析方法去分析吗？如果扩增效率不是百分百的话那么就应该怎么样分析才能把误差感到最小呢？一般误差应该在百分之几左右才算是有效数据？

http://www.stratagene.com/lit_it ... 20TechNote_1107.pdf
There is a method introduced here for different efficiency products. You can have a look.

three parameters:

1. linear standard curve (r²>0.980)

2. consistency across replicates (Cts between your replicates should vary < +/- 0.3)

3. high amplification efficiency (90-105%)
but I also see someone said that it is OK for efficiency over 80%. Or if you compare two genes, the difference of their efficiency should less than 5%.

GOOD LUCK!

同意2楼的意见，你用管家基因（挺多的，比如说β actin）做一个修正吧，用目标基因的表达量除以管家基因的表达量。即便是同样的东西分成两管来做，也未必能做得一样的曲线，PCR的效果除了反应液的化学成分影响，PCR仪的稳定性（机械的、电路的等等）影响也很重要的。所以，生物实验，做对照很重要啊。

此外，我记得在临床检验的室间质评时，国家定量标准品的误差范围是取10的对数之后±0.5。其实所谓的实时荧光定量PCR做绝对定量也是针对终点法来说准确一些吧。

请问楼主用的PCR仪是那个品牌啊，大概多少万？