引物设计
[align=center][b]引物设计[/b][/align]主要内容:[list=1][*][font=宋体][size=5][color=blue][size=9pt][url=http://www.genecool.com/bbs/viewthread.php?tid=8149&page=1#pid31334]引物设计原理[/url][/size][/color][/size][/font][font=宋体][size=9pt][/size][/font][color=blue] [/color][*][font=宋体][color=blue][size=9pt][url=http://www.genecool.com/bbs/viewthread.php?tid=8149&page=1#pid31336]PCR引物设计的优化原则[/url][/size][/color][/font][font=宋体][size=9pt][/size][/font][color=blue] [/color][*][font=宋体][color=blue][size=9pt][url=http://www.genecool.com/bbs/viewthread.php?tid=8149&page=1#pid31339]引物设计中的一些概念[/url][/size][/color][/font][font=宋体][size=9pt][/size][/font][color=blue] [/color][*][font=宋体][color=blue][size=9pt][url=http://www.genecool.com/bbs/viewthread.php?tid=8149&page=1#pid31341]Primer Premier 5.0 的使用说明[/url][/size][/color][/font][font=宋体][size=9pt][/size][/font][color=blue] [/color][*][font=宋体][color=blue][size=9pt][url=http://www.genecool.com/bbs/viewthread.php?tid=8149&page=1#pid31343]Oligo 6.44 使用说明[/url][/size][/color][/font][font=宋体][size=9pt][/size][/font][color=blue] [/color][*][font=宋体][color=blue][size=9pt][url=http://www.genecool.com/bbs/viewthread.php?tid=8149&page=1#pid31344]RT-PCR引物设计[/url][/size][/color][/font][font=宋体][size=9pt][/size][/font][color=blue] [/color][*][font=宋体][color=blue][size=9pt][url=http://www.genecool.com/bbs/viewthread.php?tid=8149&page=1#pid31346]其他引物设计知识[/url][/size][/color][/font][font=宋体][size=9pt][/size][/font][color=blue] [/color][*][font=宋体][size=9pt][url=http://www.genecool.com/bbs/viewthread.php?tid=8149&page=1#pid31348][color=blue][font=Times New Roman]PCR[/font]设计引物酶切位点的保护碱基列表[/color][/url][/size][/font][font=宋体][size=9pt][/size][/font][color=blue] [/color][*][font=宋体][color=blue][size=9pt][url=http://www.genecool.com/bbs/viewthread.php?tid=8149&page=1#pid31349]引物设计经验谈[/url][/size][/color][/font][font=宋体][size=9pt][/size][/font][color=blue] [/color][*][font=宋体][color=blue][size=9pt][url=http://www.genecool.com/bbs/viewthread.php?tid=8149&page=2#pid31354]引物设计问题分析[/url][/size][/color][/font][color=blue] [/color][*][font=宋体][size=9pt][font=宋体][size=11pt][size=2][color=blue][url=http://www.genecool.com/bbs/viewthread.php?tid=8149&page=2#pid32013]通用引物、常用引物及序列对照[/url][/color][/size][/size][/font][/size][/font][/list]c#Y f'sU
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致谢:
整理者:WANZHAN 审改者:小宝、纤夫、caterpillar、kaige88Ai_a&ot7SOO
主要参考资料:《分子克隆试验指南》@c^F\"H)~
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引物设计原理
[align=center][b]引物设计原理[/b][/align]6p MaY!@'U2}0H引物设计的目的是为了找到一对合适的核苷酸片段,使其能有效地扩增模板DNA序列。引物设计总体上包含三个程序:序列下载;同源性比较;引物设计筛选;
要设计引物首先要找到DNA序列的保守区。同时应预测将要扩增的片段单链是否形成二级结构。如这个区域单链能形成二级结构,就要避开它。如这一段不能形成二级结构,那就可以在这一区域设计引物。一般引物长度为15-30碱基,扩增片段长度为100-600碱基对。引物确定以后,可以对引物进行必要的修饰,例如可以在引物的5′端加酶切位点序列;标记生物素、荧光素、地高辛等,这对扩增的特异性影响不大。但3′端绝对不能进行任何修饰,因为引物的延伸是从3′端开始的。按照多肽的氨基酸序列来设计 PCR引物或杂交探针是最常用的实验手段。
在核酸分子杂交、DNA序列测定和通过PCR放大DNA片段等实验中,对这些反应的质量起最重要影响作用的,就是这些寡核苷酸探针或引物。用优化的寡核苷酸进行实验能够很快得到好的结果,而用不够合适的寡核苷酸时,常常得出似是而非的结果,不仅大大增加了后续实验的工作量,还可能一无所获。寡核苷酸,无论是DNA的或者RNA的,都有形成双链结构的潜在可能性,预测这种结构的稳定性对设计和优化寡核苷酸就很重要。在一个双链结构中,碱基对的相对稳定性是由其邻近碱基决定的。