【求助】differents between ORF & CDS?(页 1) - 基因技术讨论 - 基因酷基因库 Genecool 生物资源共享|生物实验技术|生物产业技术|生物资源互换|质粒互换|基因互换|菌株互换|生物论坛

jackey 发表于 07-6-26 10:43

【求助】differents between ORF & CDS?

who can tell me the differents between ORF & CDS? Open reading frame (ORF) vs Coding sequence (CDS) ?

Jack 发表于 07-6-26 19:29

Re: 【求助】differents between ORF & CDS?

一点个人看法

1，开放读码框是从一个起始密码子开始到一个终止密码子结束的一段序列；不是所有读码框都能被表达出蛋白产物，或者能表达出占有优势或者能产生生物学功能的蛋白。

2，cds，是编码一段蛋白产物的序列。

3，cds必定是一个orf。但也可能包括很多orf。

4，反之，每个orf不一定都是cds。

jackey 发表于 07-6-27 09:07

Re: 【求助】differents between ORF & CDS?

Thanks for Jack's reply!i have found somebody defining the two as following: Open reading frame (ORF) - a reading frame that does not contain a nucleotide triplet which stops translation before formation of a complete polypeptide. Coding sequence (CDS) - The portion of DNA that codes for transcription of messenger RNAORF-----translation, CDS----trancription?  I think the two's explaining are same, but in different sides.

Jack 发表于 07-6-27 21:04

Re: 【求助】differents between ORF & CDS?

translation 是理论上的，而transcription则显然是事实存在的。

binbintt 发表于 07-6-28 12:32

Re: 【求助】differents between ORF & CDS?

又学到东西了

Tlexander 发表于 08-10-3 15:33

Wonderful,thanks all of you.

ray1919 发表于 08-10-19 18:33

CDS是编码mRNA的DNA序列，而ORF是编码蛋白质的一段序列（不包含终止子）

chewrenfat1 发表于 08-11-2 18:16

CDS

CDS是结构基因组学的术语，现在大有代替原来ORF(open reading frame)的趋势。
CDS即Coding sequence的缩写。你去看现在发表的全基因组测序的论文，多数已不用ORF而用CDS了。因为后者的定义更严格一些，而且不易引起混乱。

CDS是指一个基因中编码蛋白的序列，从起始密码子到终止密码子。partial cds表示你所指的这条序列还不完整，只有部分序列信息。

chewrenfat1 发表于 08-11-2 18:27

CDS指示读者如何将两个序列连接在一起，或如何根据核苷酸序列以及基因编码得到氨基酸序列。GBFF以DNA为核心，通过DNA序列坐标系统映射所有特性，而不是从氨基酸的角度

通过CDS序列与基因序列比对, 得到CDS序列中各外显子在基因上的定位信息, 从而绘制出该基因结构图

当用户提交NCBI GenBank序列号(包括GI号和Accession号)时, 则用NCBI的EFetch工具([url]http://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query/stati-c/efe-tch_help.html[/url])链接到核酸序列数据库GenBank中该序列条目。若该序列条目的序列特征表(Feature table)中含CDS项, 则提取CDS中各外显子在基因上的定位信息。若无CDS项, 则无法得到基因结构信息,

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