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starLFD 发表于 08-10-6 21:08

求助:引物TM温度相差太远!20度啊!K

本人这段序列有2100KB,GC含量超高,要连到PEYFP载体上,设计酶切位点,没想到序列中只有两个能用。庆幸有两个。可是引物犯难了。加了酶切位点后,这温度竟然有78度,而另一条竟然只有58度。由于片段太长,所以在1170BP的长度又设计了一对引物。这里有个BCLI的酶切位点。请各位给我指点一下,我这样设计的引物行吗?正向[font=Arial]TCCGGA [/font][font=Arial]ATGGCGGGCATCGCG
78度
   BspEI (KpnII)[/font][font=Arial][size=12pt] [/size][/font]
[font=Arial][size=12pt]反向 AAGCTT[/size][/font][font=Arial][size=12pt] TCAAAGTACTGAGAAACAG

57度[/size][/font][font=Arial][size=12pt]
HindIII
[/size][/font]
[font=Arial][size=12pt] [/size][/font]

[font=宋体][size=12pt]中间引物:正向:[/size][/font][font=Arial][size=12pt]ACATTCTGGATGAACCCTCAGTA

58度  GC含量:43.5%[/size][/font]
[font=Arial][size=12pt]反向:                 CTCATCCTCCTCCTCCAGCT
58度
[/size][/font][font=Arial][size=12pt]GC含量:[/size][/font][font=Arial][size=12pt]
60%[/size][/font]

loxyang 发表于 08-10-8 23:34

我师姐说算TM值不用算酶切位点的碱基 啊,我自己做的时候也没算,能扩出来。你先试一下吧。GC含量高用宝生物的GC BUFFER,还可以

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