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hualei 发表于 08-10-3 10:56

求助TM值

以前做PCR，退火温度直接根据引物单上的TM值-5就可以了，最近有换了引物做，用公示=4*（G+C）+2*(a+t)，得出来的TM值比单子上的高出好几度，真不知道该到底按照哪个为标准了？

summityoung 发表于 08-10-4 10:39

在引物长度小于20bp时：[4(G+C)+2(A+T)]-5℃

在引物长度大于20bp时：62.3℃+0.41℃(%G-C)-500/length-5℃

hualei 发表于 08-10-5 19:53

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62.3℃+0.41℃(%G-C)-500/length-5℃.这是个什么公式呀，我怎么从来没有见过呀，0.41℃(%G-C)-是什么意思呀

shuanhu2007 发表于 08-10-6 20:50

TM值一般用primer5.0设计完后，能体现出来，从经验上讲应该以合成单上值得参照，一般比那个值低5度左右，具体还得自己摸索，pcr学问也是大大地，不是一下就能p出来，需要摸索，这是个必需的过程。祝好运！

loxyang 发表于 08-10-8 23:38

退火温度不一定是TM -5度吧，我觉得比TM 低个两三度就行了，太低会出杂带。二十个碱基用=4*（G+C）+2*(a+t)算就行，我在英骏合成的引物单子上有两个TM 值，都和自己算得差很多。还是看自己算出来就够了

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