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清水泡茶 发表于 08-9-23 09:39

请问新城疫病毒库的问题

请问各位老师，新城疫有没有像禽流感的专门数据库，可以像流感病毒一样，可以查找，对比所选的序列？

安琪儿 发表于 08-9-23 15:49

不知道这些资料有用没有，您看一下

新城疫病毒（Newcastle disease virus , NDV）所引起的禽鸟新城疫，可造成鸡等很高的死亡率和养殖业巨大的经济损失。
关于NDV的分类地位，见诸我国有关书刊的归属有风疹病毒属⑴、副粘病毒属⑵、腮腺炎病毒属⑶⑷等。现据国际病毒分类委员会（International Committee on Taxonomy of Viruses，ICTV）2002年发布的报告，已归类于副粘病毒亚科下新设的Avulavirus属⑸。
1． 修改NDV分类地位的根据
1．1．经过病毒学家不断的研究，发现了NDV与前述属、种的种种差异，特别是de Leeuw O．和Peeters B．对有关资料进行了综合⑹，见下表：
表．NDV与其它副粘病毒亚科的原三个属成员的特性比较

病 毒 的
属 和 种
NDV 腮 腺 炎  病  毒  属 副粘病毒属 麻疹病毒属
hPIV2    MuV SV5 SV41 bPIV3 hPIV3 SeV CDV MeV RPV
基因组长度
（nt）
15186
15646
15384
15246
15450
15480
15462
15384
15616
15894
15882
6碱基规律（长度/6）
2531
2607+4
2564
2541
2575
2580
2577
2564
2602+4
2649
2647
5’未翻译区（UTR） 114 22 25 32 20 45 45 58 44 41 41
P基因编码后蛋白质转换 P→V         
V→P
P→V
P→V
亚单位六聚体相在P基因编码位点的位置

1

—

3

3

3

2

2

1

—

6

6


亚单位六聚体相在基因开始位点的位置 NP 2 __ 2 2 2 2 2 1 __ 2 2
P 4 __ 1 1 1 1 1 1 __ 2 2
M 4 __ 6 6 1 1 1 1 __ 4 4

F 4 __ 1 1 1 1 1 1 __ 3 3
SH __ __ 1 2 __ __ __ __ __ __ __
HN 3 __ 1 1 1 1 1 1 __ 3 3
L 6 __ 6 6 6 2 2 2 __ 2 2
注：①NDV LaSota ；hPIV2 人副流感病毒2 ；MuV 腮腺炎病毒；SV5和SV41 猿病毒5和猿病毒41；SeV 仙台病毒；bPIV3和hPIV3 牛副流感病毒3和人副流感病毒3；CDV 犬瘟热病毒；MeV 麻疹病毒；RPV 牛瘟病毒
②hPIV2和CDV的六聚体相位置未定。
③NP 核衣壳蛋白，P 磷酸化蛋白，M 基质蛋白，F 融合蛋白，SH 小疏水蛋白，HN 血凝素神经氨酸酶蛋白，L 大聚合酶蛋白
1．2．从上表以及其它文献可以明显地看到NDV与其它三属成员的不同之处：
1．2．1．观察L基因的转录框未端与5’端之间未翻译区的核苷酸（nt）多少，显示NDV在这个区域的核苷酸比其它三属病毒的更多，达114nt，其它的且只有20-58nt。
1．2．2．NDV编辑它的P基因mRNA是从P到V（蛋白），而不是从V到P⑺。围绕编辑位点的序列，NDV和副粘病毒属及麻疹病毒属是相同的（AAAAAGGGG，A为腺嘌呤核苷、G为鸟嘌呤核苷），而不同于腮腺炎病毒的（TTTAAGAGGGG，T为胸腺嘧啶脱氧嘧苷）。
1．2．3．mRNA开始位点，NDV簇集在4个亚单位六聚体相位置（2、4、3、6），而腮腺炎病毒属成员簇集在3个位置（2、1、6），副粘病毒在2、1位，麻疹病毒在2、4、3位。此外，亚单位六聚体相的位置在P基因mRNA编辑位点，NDV是1，而腮腺炎病毒成员是3。
1．2．4．NDV与hPIV2(腮腺炎病毒属成员)之间没有免疫学的相关。Tsurudome et al.(1989)
用一组128个直接抗hPIV2的单克隆抗体(MABs)，其中没有一个MABs与NDV或副粘病毒属的hPIV1及hPIV3有反应。然而，一些MABs与SV5及SV41等腮腺炎病毒有反应⑻。
1．2．5．象SeV（副粘属）而不象hPIV2（腮腺属），NDV的NP蛋白在缺乏P蛋白的情况下能在活体中结合RNA形成核衣壳样结构（Errington＆Emmerson,1997）⑼。
1．2．6．NDV的宿主是鸟类而不是哺乳动物。
2．NDV 现在的分类地位⑸
2．1．ICTV下属的脊椎动物病毒分会副粘病毒科研究组在2001年4月的华盛顿DC会议上向ICTV提议改变NDV的分类位置，创建一个新的分类单元 。这个提议经过讨论并获得ICTV成员的最后核准，并于2002年正式发布，决定在副粘病毒亚科中设立Avulavirus属，NDV为其模式种。经修正后的副粘病毒亚科下，现有5个属：呼吸道病毒属（Respirovirus）、麻疹病毒属（Morbillivirus）、腮腺炎病毒属（Rubulavirus）属、Henipavirus属、 Avulavirus属。
2．2．Avulavirus属，别名“新城疫样病毒”，下含：
新城疫病毒（Newcastle disease virus,NDV），别名禽副粘病毒1型（Avian paramyxovirus 1,APMV-1）
禽副粘病毒2~9型（Avian paramyxovirus 2~9,APMV 2~9）
2．3．NDV在病毒中的完整的分类地位是为单分子负链RNA病毒目（Mononegavirales）、副粘病毒科（Paramyxoviridae）、副粘病毒亚科（Paramyxovirinae）、Avulavirus属。

清水泡茶 发表于 08-9-23 15:57

谢谢，呵呵，

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